《藥品經營許可證》變更分為許可事項變更和登記事項變更。許可事項變更是指經營方式、經營範圍、註冊地址、倉庫地址（含增減倉庫）、企業法定代表人或負責人及負責人素質的變更。登記事項變更是指除上述事項以外的其他事項的變更。 藥品經營企業變更《藥品經營許可證》許可事項的，應當在原許可事項變更30日前，向原許可機關申請辦理《藥品經營許可證》變更登記。未經批準，不得擅自變更許可事項。原許可機關應當自收到企業變更申請及變更申請資料之日起15個工作日內作出準予變更或者不予變更的決定。申請變更許可事項的，由原許可部門按照本辦法規定的條件受理後，方可辦理變更手續。藥品經營企業依法變更《藥品經營許可證》許可事項後，應當依法到工商行政管理部門辦理相關工商變更登記手續。企業分立、合並、改變經營方式、跨原轄區遷移的，依照本辦法規定重新辦理《藥品經營許可證》。 企業法人非法人分支機構變更《藥品經營許可證》許可事項的，必須由上級法人出具簽署意見的變更申請書。 藥品經營企業變更《藥品經營許可證》登記事項的，應當在工商行政管理部門核準變更後30日內，向原發證機關申請辦理《藥品經營許可證》變更登記。原發證機關應當自受理企業變更申請之日起15個工作日內為其辦理變更手續並變更申請信息。《藥品經營許可證》變更登記後，原發證機關應當在《藥品經營許可證》副本上記載變更內容和時間，並根據變更內容重新核發《藥品經營許可證》正本，收回原《藥品經營許可證》正本。變更後的《藥品經營許可證》有效期不變。 《藥品經營許可證》有效期為五年。有效期屆滿，需要繼續經營藥品的，被許可人應當在有效期屆滿前6個月內向原發證機關申請補發《藥品經營許可證》。原發證機關按照規定的申請條件進行審查，符合條件的，收回原許可證，換發新證。不符合條件的，可以限期三個月進行整改，整改後仍不符合條件的，註銷原《藥品經營許可證》。 食品藥品監督管理部門根據藥品經營企業的申請，應當在《藥品經營許可證》有效期屆滿前作出是否準予其延續許可的決定。逾期未作出決定的，視為準予換證。 綜上所述，《藥品經營許可證管理辦法》第十六條的規定，主要是指在經營過程中，如果存在違法違規行為，在監管部門立案調查後未結案，或者被處以行政處罰後未執行的，發證機關不得受理其變更《藥品經營許可證》的請求，這也是為了防止經營者通過變更《許可證》來逃避調查或者處罰的內容。這也是為了防止經營者通過變更許可內容逃避查處。
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