（壹）黨委辦公室
負責區衛生局黨委和基層黨組織的思想政治建設和行業精神文明創建工作；負責黨委重要事項的督查督辦工作；負責機關和所屬單位維護政治穩定和防範、處理邪教問題的相關工作；負責黨委理論中心組學習工作；負責機關和所屬單位宣傳工作；負責黨委文電、會務、信息等工作；承擔黨委重要文稿的起草工作；負責機關和所屬單位團組織建設，指導團組織換屆選舉、團員青年“推優薦才”和“推優入黨”工作；負責機關和所屬單位團費收繳、使用及管理工作；負責機關和所屬單位“青年文明號”創建及驗收工作；負責本區醫療機構誌願者招募及組織開展誌願者服務工作；負責本區非公醫療機構團組織建設和流動團員的管理教育工作。
（二）辦公室
負責機關政務工作；負責文電、會務、機要、檔案等工作；承擔信息、議案、建議、提案、安全保密、信息公開等工作；負責重要事項的組織和督查工作；負責辦理機關和所屬單位各類人員因公出國手續；負責機關和所屬單位外事工作的宣傳、咨詢和協調工作；負責機關和所屬單位衛生信息化管理及機關信息化建設工作；負責機關科級以上領導幹部考勤工作。
（三）政策研究室
承擔本區醫療衛生改革與發展重大問題的調查研究工作，並提出相關建議；負責擬訂本區衛生事業發展規劃和中長期發展計劃；負責機關重要文稿的組織撰寫工作；負責本區衛生年鑒編輯工作；負責制定所屬單位綜合目標考核方案，並組織實施。
（四）法制監督科
負責推進機關依法行政綜合工作；承擔機關規範性文件的合法性審核工作；指導職責範圍內的行政許可工作；承擔行政復議、行政訴訟、行政賠償的有關工作；負責本區消費環節食品安全監督管理和衛生執法監督工作；組織協調打擊非法行醫，督查督辦相關的重大違法案件；負責職責範圍內的信訪和矛盾調處工作；負責機關信訪復查案件的辦理工作；監督管理本區醫療廢物處理。
（五）衛生應急辦公室
負責擬訂本區突發公***衛生事件和其相關專項的應急預案，指導本區各級醫療機構應急預案的日常演練和相關衛生應急知識、技能的培訓工作；負責指導本區醫療急救體系建設，開展急救質量控制管理工作；負責本區公***衛生指揮調度平臺建設工作；指導本區各級醫療機構突發公***衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援和風險分析評估等工作；負責本區公***衛生危機應對工作；協調本區救災、反恐、中毒、放射事故等重大安全事件中的緊急醫療救援工作；協調本區對突發重大傷害、公***衛生事件和轄區各類大型活動的衛生應急保障工作；承擔區突發公***衛生事件應急指揮部辦公室的日常工作。
（六）疾病預防控制科
負責擬訂本區重大傳染病、地方病、常見病、慢性非傳染性疾病預防控制規劃和措施，指導疾病預防控制體系建設；組織本區免疫規劃的實施和疫苗接種異常反應事件的調查處置；組織對傳染病、地方病的綜合防治、監測、疫情報告，對本區重大突發疫情實施緊急處置；組織開展本區與人體健康有關的病原微生物實驗室生物安全日常監管；擬訂本區健康促進工作規劃和計劃，並組織實施；負責本區城鄉基層衛生和新型農村合作醫療的綜合管理；
（七）基層衛生科
負責本區城鄉基層衛生和新型農村合作醫療的綜合管理；擬訂本區基層衛生工作發展規劃、政策措施、規範標準，並組織實施；指導本區基層衛生服務體系建設和鄉村醫生管理工作；承擔對本區社區衛生服務機構的檢查、監督和考核工作；負責本區老年衛生、基層醫療康復的管理工作；參與基層衛生人才隊伍建設與實用技術的普及推廣工作。
（八）醫政科（北京市朝陽區獻血辦公室）
負責擬訂本區醫療機構設置規劃，參與制定區域衛生發展規劃；負責本區醫療機構的設置審批、登記註冊、變更、校驗、註銷及從業人員資格審核、執業註冊等工作；指導本區醫院感染控制體系建設；負責區域內醫療機構醫師資格考試初審工作；承擔本區醫療服務監管工作，建立醫療質量評價和監督體系，組織開展醫療質量、安全、服務評價等工作；組織執行關於醫療、護理的技術質量和服務質量以及醫療機構管理的政策、規範和標準，執行醫療技術應用準入制度；組織落實本區醫療機構對口支援及“三下鄉”工作;負責區域內醫療機構醫療廣告的初審工作；負責區域內醫療事故鑒定的受理及審核工作；參與區域內醫療救助政策制定並組織落實；負責本區幹部醫療保健的管理工作；負責麻醉藥品和第壹類精神藥品印鑒卡審批工作；負責所屬醫療機構大型醫療設備集中采購工作；承擔區域內無償獻血、醫療用血、采供血監管的責任；指導區域內醫療機構用血工作；推動區域內無償獻血工作。
（九）中醫科
負責擬訂本區中醫醫療機構設置規劃，健全中醫醫療服務體系；組織開展本區醫療機構推廣中醫適宜技術和中醫藥應用、傳播，推動中醫藥防治知識普及工作；規範中醫專家多地點執業問題；規範對政府舉辦的中醫醫療機構實行中醫特色服務工作的年度績效考核。
（十）婦幼與精神衛生科
負責擬訂本區婦幼衛生、精神衛生工作的發展規劃和措施，並組織落實；負責轄區醫療機構助產技術服務、計劃生育技術工作機構及人員的行政審批和監督管理工作；指導本區婦幼保健、精神衛生體系建設；承擔區域內預防和減少出生缺陷的組織協調工作；負責區域內產前篩查機構資格備案及管理工作；負責區域內托幼園所衛生保健管理工作；負責機關和所屬單位計劃生育工作；負責區域內精神衛生專業人員的監督管理；承擔本區對重大事故群體心理危機幹預的組織協調工作；承擔區域內無償獻血、醫療用血、采供血監管的責任；指導區域內醫療機構用血工作；推動區域內無償獻血工作。
（十壹）人事科教科
負責擬訂本區衛生系統人才培養、繼續教育和科研規劃，並組織實施；負責本區衛生高層次人力資源信息庫管理工作；負責機關和所屬單位人事、機構編制管理及人才隊伍建設工作；監督區域內衛生專業技術資格考試的報名和考區考務工作；承擔所屬事業單位高級專業技術人員評審的初評工作責任；組織所屬單位開展衛生科普宣傳工作。
（十二）財務審計科
負責機關、新型農村合作醫療、基建項目的財務管理工作；負責機關年度預、決算編制和國有資產管理工作；負責所屬單位醫療服務收費、行政性收費，藥品、血液及制劑收費的監督管理工作；擬訂機關和所屬單位內部審計制度，對預決算、財務收支進行審計監督，並指導所屬單位開展內部審計工作；擬訂所屬事業單位資產保值增值、運營狀況評價標準，並組織實施；負責對所屬單位領導幹部進行經濟責任審計。
（十三）規劃綜合科
負責統籌規劃區域內衛生空間布局；負責本系統房屋資源的配置整合及產權管理工作；擬訂本系統基本建設規劃、年度計劃，並組織實施；負責本區小區配套醫療設施的方案審定、驗收接管等工作；組織協調所屬醫療機構後勤設施的技術改造及維修工作；負責機關和所屬單位職工住房制度改革、職工住房物業監管及物業管理費用審核工作；負責機關和所屬單位非中***黨員因私出國（出境）的審查、申報工作；負責機關科級以下人員的考勤工作；負責機關績效考核工作；負責機關行政後勤管理工作；負責機關和所屬單位的社會治安綜合治理、易燃易爆物品監督管理和環保治理及監管工作；組織協調機關和所屬單位安全生產工作；負責所屬單位後勤改革及管理工作。
（十四）組織科
負責落實局黨委對所屬單位領導班子建設和領導幹部選拔任用、教育培訓、管理考核工作；負責檢查、督導所屬單位黨建工作落實情況；負責機關和所屬單位黨員黨費收繳、使用和管理工作；負責機關和所屬單位離休幹部和處級退休幹部的管理和服務工作；負責機關和所屬單位統壹戰線工作；負責所屬單位政工師的評定工作；指導本區非公醫療機構黨建工作；指導區衛生局老醫藥衛生工作者協會工作。
（十五）工會
負責維護所屬單位職工、婦女合法權益；指導所屬單位健全完善職工代表大會，檢查、監督所屬單位民主管理和院務公開工作；負責機關和所屬單位工會經費收繳、使用、監督管理及職工安康保險檔案管理；指導所屬單位工會圍繞四項基本職能，開展“兩先、三優”創建工作；負責幫扶困難職工、組織推薦勞模工作；指導本區非公醫療機構工會聯合會工作。