辦公室主要職能：負責機關日常運轉，承擔安全、保密、信訪、政務公開和國際合作交流等工作。承擔局黨組、局領導交辦的其他事項。 內設處（室）：值班室（保密信訪處）、文秘督查處、政策研究處（改革辦）、新聞辦公室、國際合作處。 規劃財務和法規司主要職能：組織擬訂醫療保障工作規劃。承擔機關和直屬單位預決算等工作，推進醫療保障信息化建設。組織起草法律法規草案、規章和標準，承擔規範性文件的合法性審核工作，承擔行政復議、行政應訴等工作。承擔局黨組、局領導交辦的其他事項。
內設處（室）：不設處室建制。待遇保障司主要職能：擬訂醫療保障籌資和待遇政策，統籌城鄉醫療保障待遇標準。統籌推進多層次醫療保障體系建設。建立健全醫療保障關系轉移接續制度。組織擬訂長期護理保險制度改革方案並組織實施。承擔局黨組、局領導交辦的其他事項。醫藥服務管理司主要職能：擬訂醫保目錄和支付標準，建立動態調整機制，制定醫保目錄準入談判規則並組織實施。擬訂定點醫藥機構醫保協議和支付管理、異地就醫管理辦法和結算政策。組織推進醫保支付方式改革。組織開展藥品、醫用耗材、醫療技術的經濟性評價。承擔局黨組、局領導交辦的其他事項。
內設處（室）：綜合處（醫改協調處）、目錄管理處、支付管理處。醫藥價格和招標采購司主要職能：擬訂藥品、醫用耗材價格和醫療服務項目、醫療服務設施收費等政策並組織實施，建立價格信息監測和發布制度。擬訂藥品、醫用耗材的招標采購、配送及結算管理政策並監督實施，推進招標采購平臺建設。承擔局黨組、局領導交辦的其他事項。
內設處（室）：醫藥價格處（綜合與信息監測處）、招標采購處。基金監管司主要職能：擬訂醫療保障基金監督管理辦法並組織實施。建立健全醫療保障基金安全防控機制，建立健全醫療保障信用評價體系和信息披露制度。監督管理納入醫保支付範圍的醫療服務行為和醫療費用，規範醫保經辦業務，依法查處醫療保障領域違法違規行為。承擔局黨組、局領導交辦的其他事項。
機關黨委（人事司）主要職能：負責機關和在京直屬單位的黨群工作。承擔機關和直屬單位的人事管理、機構編制、教育培訓、隊伍建設等工作。承擔局黨組、局領導交辦的其他事項。 內設處（室）：機關黨委辦公室（機關紀委辦公室）、人事處。