（1）防治畜禽疾病時產生殘留獸藥。在預防和治療畜禽疾病時，加大劑量或用藥次數，隨意配伍用藥，任意使用復合制劑，不遵守休藥期規定等，使用人用藥物，均可造成藥物殘留。美國在20世紀70年代對獸藥殘留的原因進行調查，發現有76%是不遵守休藥期所致。
（2）使用劣質、禁用獸藥及其化合物。農業部在2003年265號公告明確規定，不得使用不符合《獸藥標簽和說明書管理辦法》規定的獸藥產品，不得使用《食品動物禁用的獸藥及其他化合物清單》所列產品及未經農業部批準的獸藥，不得使用進口國明令禁用的獸藥，肉禽產品中不得檢出禁用藥物。
（3）環境、畜禽飼料被獸藥汙染。有機氯、磷、氟以及汞、鉛等重金屬，亞硝酸胺等，汙染水源、飼料、飼草及畜禽的生活環境，造成畜禽體內大量蓄積。飼料加工和調配不當產生有害物質，使用藥物生產發酵的廢渣、廢水飼餵畜禽造成畜禽體內藥物殘留，導致畜禽產品汙染。
（4）突擊使用獸藥。為提高畜禽的生長速度，突擊使用藥物。在銷售病畜禽前，為緩解、消除癥狀，使用大劑量獸藥。
（5）獸藥在生態環境中的殘留。動物用藥後或用消毒劑對廄舍等進行消毒後，造成藥物原形或代謝產物進入生態環境，造成環境、土壤、表層水體、植物和動物等的獸藥蓄積或殘留，這就是獸藥在生態環境中的殘留。
（6）管理力度不夠，檢測技術、標準不健全。我國在獸藥的檢測技術及其靈敏度、選擇性、特異性等方面，還無法全面滿足歐盟等國家對獸藥殘留檢測的要求。食品標準重疊、混亂、缺乏權威性，缺乏對整個食品質量全方位的立體控制，食品質量標準與國際標準接軌不夠。