潔凈廠房的潔凈區不應跨越變形縫、沈降縫，如工藝設計需要大面積潔凈區必須設置變形縫時應采取相應的密封措施。
潔凈廠房上、下技術層的技術夾層（豎向）應滿足生產工藝、空調管線、動力、電力、水專業管線的要求。潔凈生產層（工藝層）上部為技術夾層，壹般用於凈化空調系統送風靜壓箱或安裝循環空調或FFU裝置以及風管和動力管線，層高壹般為3m左右（也有更高的）。潔凈生產層（工藝層）活動地板和多孔板下面的技術夾層，壹般用於安裝公用動力設施和管道，也可安裝凈化空調系統的回風靜壓箱，層高壹般在 4m 左右（也有更高的）。這種形式的潔凈廠房，壹般規模較大，產品生產工藝連續性強，自動化程度高，因此在建築平面、空調布置和施工設計時，應與工藝設計、公用動力工程設計密切配合，以充分滿足生產工藝的需要和各種公用動力管道設施的安裝、維修要求，並便於建築設計的運行管理的要求。這種設計形式屬於垂直單向流或混流潔凈室。潔凈室的工藝主要為安裝空氣過濾器、幹燥盤管、燈具、風管及各種公用動力管線等，工藝通道的寬度應與專業設計人員協商決定。
潔凈室的通道寬度應滿足人員操作和疏散、物料運輸、設備安裝和檢修的要求，如個別工藝設備體積很大，可以讓設備先就位再做內部隔斷，也可以利用活隔斷（可拆卸）留出大型設備的進出通道，便於大型設備的更新和檢修。