深層發酵技術是壹項成熟的工業技術。我國對食（藥）用真菌深層發酵技術的研究始於20世紀60年代，此後食（藥）用真菌深層發酵技術的應用研究也時有報道。例如：提取多糖、有機酸、氨基酸、酶等代謝產物；生產食用（藥用）菌絲體用於食品、食品添加劑或飼料，開發新的食品來源；開發食用（藥用）菌飲料、保健食品或藥品等。
早在 20 世紀 70 年代，就有利用深層發酵技術培養液體菌種用於食用菌栽培的研究，並有大規模應用的歷史。近年來，也有大量的應用研究報道。與生產固體菌種相比，深層發酵生產液體菌種的主要優點是勞動力和廠房需求少，產品均勻，易於控制，生產效率高，同時，液體菌種具有生產周期短、菌絲發育分、接種後菌絲擴散快、菌絲齡整齊等優點，在壹定條件下進行菇床、菌種瓶和栽培袋的接種可明顯縮短生產周期。例如，用液體菌種生產麥種，如果溫度適宜，3-5 天就可蓋滿整個瓶子，比接種固體菌種快幾倍。用液體菌種拌種栽培平菇、雞尾菇、金針菇、菊花蟲草等，拌種後在適宜條件下培養，10-20天即可出菇。
目前，液體菌種的生產和應用還存在壹些局限性和亟待解決的問題。首先，液體菌種的生產不僅需要較昂貴的設備，對能耗、環境條件、操作技術的要求也較高，如環境條件差、操作不當就會發生嚴重汙染。其次，液體菌種對原料要求較高，不能利用木屑、棉籽殼等農副產品。此外，液體菌種不易儲存，不利於運輸，因此，液體菌種必須就地、及時使用。另外，液體菌種培養過程中，有時會出現所謂的 "去核 "現象，使雙核菌絲變為單核菌絲，從而給進壹步擴大培養和栽培帶來壹定的風險。因此，極大地限制了液體菌根菌種在食用菌制種和栽培中的開發利用。在其不易貯藏和運輸、不耐貯藏等問題沒有得到實質性解決之前，食用菌生產仍將以固體菌種為主。