辦公室
負責文電、會務、機要、檔案、督查等機關日常運轉工作，承擔綜合性重大問題調研、重要文稿起草、政務公開、安全保密和信訪等工作。
人事處
擬訂全省衛生和計劃生育人才發展政策、規劃並指導實施；承擔機關和直屬單位的人事管理、機構編制和隊伍建設等工作；組織生育管理幹部崗位培訓工作；承擔衛生和計劃生育系統全省性表彰和援藏援疆、建設扶貧人員及科技特派員的選派與管理工作。
規劃與信息處
擬訂全省衛生和計劃生育事業中長期發展規劃，承擔統籌規劃和協調優化全省衛生和計劃生育服務資源配置工作，指導區域衛生和計劃生育規劃的編制和實施，規劃和指導衛生和計劃生育公***服務體系建設，承擔大型醫用裝備的配置管理工作；擬訂衛生和計劃生育基礎設施建設規劃和年度建設計劃，承擔省屬衛生和計劃生育項目及其重點建設項目的管理；承擔衛生和計劃生育信息化建設和統計工作，參與全省人口基礎信息庫建設。
財務處
承擔衛生和計劃生育專項資金管理工作；承擔機關和預算管理單位預決算、財務、資產管理和內部審計工作；擬訂藥品和醫療器械采購相關規範，組織落實政府采購工作；提出醫療服務價格政策建議；擬訂全省計劃生育藥具需求計劃；指導和監督社會撫養費管理。
法制處
組織擬訂全省衛生和計劃生育政策和地方標準，組織起草地方性法規和規章草案，承擔規範性文件的合法性審核工作，承擔行政復議、行政應訴等工作。
體制改革處（省深化醫藥衛生體制改革領導小組辦公室）
承辦省深化醫藥衛生體制改革領導小組及其亦公室的具體工實施衛生專業技術人員任職資格考試評審；組織指導衛生和計劃作，研究提出全省深化醫藥衛生體制改革政策、措施的建議，督促落實省深化醫藥衛生體制改革領導小組會議議定事項，承擔組織推進公立醫院改革工作，負責組織協調基層醫療衛生機構綜合改革。
衛生應急辦公室(突發公***衛生事件應急指揮中心)
擬訂全省衛生應急和緊急醫學救援政策、制度、規劃、預案和規範措施，指導全省衛生應急體系和能力建設，指導、協調突發公***衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、總結評估等工作，協調指導突發公***衛生事件和其他突發事件預防控制和緊急醫學救援工作，組織實施對突發急性傳染病的防控和應急措施，對重大災害、恐怖、中毒事件及核事故、輻射事故等組織實施緊急醫學救援，發布突發公***衛生事件應急處置信息。
疾病預防控制處
擬訂全省重大疾病防治規劃、免疫規劃、嚴重危害人民健康的公***衛生問題的幹預措施並組織實施，完善疾病預防控制體系，防止和控制疾病發生和疫情蔓延；負責職責範圍內的職業衛生、放射衛生、環境衛生、學校衛生的地方標準制定、監測評估、指導協調及學校常見病防控；承擔發布法定報告傳染病疫情信息工作；承擔省人民政府防治艾滋病工作委員會的日常工作。
基層衛生處（合作醫療管理辦公室）
擬訂全省農村衛生和社區衛生政策、規劃、規範並組織實施，指導全省基層衛生服務體系建設；組織實施國家基本公***衛生服務項目；負責全省鄉村醫生的管理工作；監督指導基層衛生政策的落實；擬訂全省新型農村合作醫療發展規劃、政策措施和標準規範並組織實施；組織指導全省新型農村合作醫療管理機構人員的業務培訓；負責全省新型農村合作醫療基金的監管與效益評估；負責定點醫療機構的醫療費用監管；負責全省新型農村合作醫療的信息管理工作。
醫政醫管處
擬訂全省醫療機構、醫療技術應用、醫療質量、醫療安全、醫療服務、采供血機構管理等有關政策規範、地方標準並組織實施，擬訂醫務人員執業標準和服務規範，擬訂醫療機構和醫療服務全行業管理辦法並監督實施，指導醫院藥事、臨床實驗室管理等工作，參與藥品、醫療器械臨床試驗管理工作；擬訂全省醫療機構評審評價辦法，監督指導全省醫療機構評審評價；擬訂公立醫院運行監管、績效評價和考核制度並督促實施；負責醫療行業作風建設和糾風工作。
綜合監督處
負責全省公***衛生、醫療衛生、計劃生育綜合監督，按照職責分工承擔職業衛生、放射衛生、學校衛生和計劃生育的監督管理，組織開展公***場所、飲用水安全、傳染病防治、醫療衛生機構和采供血機構的監督檢查，整頓和規範醫療服務市場，組織查處違法行為，督辦重大違法案件，指導規範綜合監督執法行為。組織擬訂食品安全地方標準，組織開展食品安全風險監測、評估和交流，負責食品安全標準跟蹤管理；會同有關部門制定、實施食品安全風險監測計劃。
婦幼健康服務處
擬訂全省婦幼衛生和計劃生育技術服務政策、規劃、技術標準和規範並組織實施，推進婦幼衛生和計劃生育技術服務體系建設，管理母嬰保健技術服務，組織實施國家和省級婦幼健康服務項目，指導全省婦幼衛生、出生缺陷防治、人類輔助生殖技術和計劃生育技木服務工作，依法規範計劃生育藥具管理工作。
計劃生育基層指導處
指導和督促全省基層加強計劃生育基礎管理和服務工作，完善計劃生育政策並組織實施，推進基層計劃生育工作網絡建設，負責全國計劃生育優質服務的創建評選工作；完善全省計劃生育工作目標管理考核制度，組織實施計劃生育工作目標管理責任制孝核、經常性檢查及年終考核工作，組織實施計劃生育壹票否決制；承擔省人口和計劃生育領導小組的日常工作。
藥物政策與基本藥物制度處
貫徹執行國家藥物政策和國家基本藥物制度；組織制定國家基本藥物目錄外湖南省藥品增補目錄；擬訂並組織實施全省藥物政策和基本藥物采購、配送、使用的管理措施；制定全省醫療機構網士藥品集中采購實施方案和網上藥品集中采購目錄；監督管理藥品企業、醫療機構網上藥品集中采購交易活動；負責建立基本藥物醫療機構首選和檢測評估制度。
計劃生育家庭發展處
研究提出全省促進計劃生育家庭發展的政策建議，建立和完善計劃生育利益導向機制及特殊困難家庭扶助制度並組織實施，承擔出生人口性別比綜合治理工作。
宣傳處
擬訂全省衛生和計劃生育宣傳、公眾健康教育、健康促進的目標、規劃、政策和規範，承擔衛生和計劃生育科普宣傳、新聞和信息發布。
血吸蟲病預防控制處
擬訂全省血吸蟲病防治工作政策、中長期規劃和年度計劃並織實施；組織對血吸蟲病消滅和控制國家標準達標的考核驗收；負責全省血吸蟲病防治的業務技術管理，協助規劃和指導血吸蟲病防治機構的建設與管理工作；管理直屬血吸蟲病防治單位的醫療和科研工作；承擔省血吸蟲病防治工作領導小組的日常工作，協調有關部門開展血吸蟲病的綜合防治工作。
科技教育處
擬訂全省衛生和計劃生育科技發展規劃及相關政策，組織實施相關科研項目、新技術評估管理、適宜技術推廣、醫學重點學科和科研基地建設，負責實驗室生物安全監督；組織實施畢業後醫學教育和繼續醫學教育，參與擬訂醫學教育發展規劃，協同指導醫學院校教育，開展住院醫師規範化培訓和專科醫師培訓；負責全省衛生和計劃生育專業技術人員崗位培訓工作。
國際合作處
組織指導全省衛生和計劃生育工作領域的國際交流與合作、對外宣傳、援外工作；組織開展國（境）外培訓和智力、資金引進工作；開展與港澳臺地區的交流與合作；負責援外醫療隊的組派、培訓、聯絡及服務管理等工作；負責機關及直屬單位各類人員因公出國（出境）管理工作。
愛國衛生工作處（省愛國衛生運動委員會辦公室）
貫徹執行全國愛國衛生工作的政策和法律法規，擬訂全省愛國衛生工作的中長期規劃並組織實施；統籌協調省愛國衛生運動委員會各成員單位工作責任的落實；組織開展衛生創建和管理工作；組織實施農村改廁工作，負責開展群眾性衛生監督和城鄉環境衛生評價工作；組織開展病媒生物防制工作，負責全省病媒生物防制工作的技術指導；承擔省愛國衛生運動委員會日常工作。
保健處
組織實施中央和省委保健工作方針政策、規劃；負責指導保健基地的規範他建設和管理；負責組織保健對象的預防保健和醫療救治工作；負責黨和國家領導及重要來賓、重要會議與重大活動的醫療衛生保障工作；負責全省保健工作的宏觀管理；承擔省保健委員會的日常工作。
駐委紀檢組監察室
檢查被監察部門在遵守和執行法律、法規和國務院、省政府的決定、命令中的問題。受理對被監察部門和人員違反行政紀律行為的控告、檢舉。調查處理被監察部門和人員違反行政紀律的行為。受理被監察人員不服行政處分決定或者行政處分復核決定的申訴。受理被監察人員不服監察決定的申訴。督促被監察部門建立廉政、勤政方便的規章制度。辦理省監察廳交辦的其他事項。
機關黨委
負責廳機關和直屬單位的黨群工作。
離退休人員管理服務處
負責機關離退休人員管理、服務工作，指導直屬單位離退休人員管理、服務工作。