社會醫療保險報銷在出院或轉院後報銷。
特殊病種住院、門診結算程序：
定點醫療機構於每月10日前將上月出院病人的費用結算單、住院結算單及相關資料報送醫療保險經辦機構，經醫療保險經辦機構審核後，作為每月預撥和年終決算的依據；
醫療保險經辦機構按月預撥上月住院、門診治療費用。
經認定患有特殊疾病的參保人員，到勞動保障部門指定的定點醫療機構就醫購藥，發生的醫療費用直接記賬，即時結算。
緊急結算程序：參保人員因急診在本市非定點醫療機構或異地醫療機構住院，發生的醫療費用由個人或單位先行墊付，待急診結束後，持醫院的急診病歷、檢查化驗報告、發票和醫療收費明細清單到醫療保險經辦機構按規定辦理報銷手續。
異地安置人員的結算程序：
異地安置人員由單位在居住地指定1-2家定點醫療機構，並報醫療保險經辦機構備案；
異地安置人員患病在居住地定點醫療機構就醫發生的醫療費用，由本人或所在單位先行墊付，發生的醫療費用由本人或所在單位先行墊付，治療結束後由本人或所在單位支付。
異地居住工作人員在定點醫療機構就醫發生的醫療費用，由本人或所在單位先行墊付，治療終結後，由所在單位持工作人員的診斷證明和病歷、有效費用票據、處方復本、住院費用清單等材料，按規定日期到社會醫療保險經辦機構結算醫療費用。
轉診轉院結算：
參保人員因定點醫療機構條件限制或因專科疾病轉診轉院到其他醫療機構診治的，需填寫轉診轉院審批表。由主治醫師提出轉診轉院理由，科室主任提出轉診轉院意見，醫療機構醫保辦審核，分管院長簽字，報市醫保中心審批後方可轉院；
轉診轉院原則上先市內後市外，先省內後省外。市內轉診轉院須在定點醫療機構之間進行。市外轉診、轉院必須在市內三級以上定點醫療機構進行；
參保人員轉診、轉院後發生的醫療費用，由個人或單位現金墊付，醫療終結後，參保人員或其代理人憑轉診、轉院審批表、病歷、證明、處方、有效證件到醫療保險經辦機構報銷屬於統籌基金支付範圍的住院費用。