根據上述職責，市食品藥品監督管理局設9個內設機構：
（壹）辦公室。
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常工作；承擔安全、保密、信息、督辦、綜合調研、政務公開、統計管理和後勤保障等工作；負責行政復議和行政訴訟工作；承擔機關和指導直屬單位的政府采購、內部審計、財務和資產管理等工作。
（二）食品安全監管科。
負責消費環節的餐飲服務許可和食品安全監督管理工作；承擔消費環節食品安全狀況調查、監測工作；指導協調重大活動的餐飲安全保障相關工作。
（三）保健食品化妝品監管科。
監督國家保健食品、化妝品標準的執行；監督實施保健食品、化妝品相關管理規範；承擔保健食品經營許可證核發工作；監測保健食品廣告。
（四）藥品安全監管科。
監督國家藥品標準的執行；監督實施藥品生產、中藥材生產、醫療機構制劑配制、藥物臨床試驗、藥物非臨床研究質量管理規範；監督管理特殊藥品；監督實施中藥品種保護制度；落實藥物濫用的監測制度，指導藥品不良反應監測工作；配合有關部門實施國家基本藥物制度。
（五）藥品流通監管科。
監督實施處方藥、非處方藥分類管理制度和藥品經營質量管理規範; 承擔藥品經營許可核發工作；監管中藥材專業市場；監測藥品廣告；承擔互聯網藥品信息服務和交易行為的監督管理工作；負責農村藥品監督網和供應網建設管理工作。
（六）醫療器械監管科。
監督醫療器械標準的執行；承擔有關醫療器械註冊工作；監督實施醫療器械生產、經營、使用質量管理規範；組織開展醫療器械不良事件監測；監測醫療器械廣告。
（七）人事科。
負責機關和指導直屬單位的人事管理、機構編制、勞動工資、離退休人員服務、計劃生育等工作；組織指導保健食品、化妝品、藥品和醫療器械等有關專業技術職稱資格評審工作。
（八）監察室。
負責機關和指導直屬單位的紀檢、監察和黨群工作。
（九）稽查科（稽查分局）。
依法查處餐飲、食堂等消費環節食品安全和保健食品、化妝品、藥品、醫療器械研制、生產、流通、使用等方面的違法行為；擬訂並組織實施相關產品的抽驗計劃；負責開展相關突發食品藥品安全事件的應急處置和監督相關產品的召回工作；負責受理投訴和舉報；指導和監督本系統的稽查執法工作。