HKU深圳醫院由深圳市政府投資35億元建成，其運營費用也由深圳市政府補貼。醫院占地面積654.38+0.92萬平方米，總建築面積36.7萬平方米。資金將由深圳提供，而香港大學將提供人力資源。據梁誌宏介紹，目前已有12名醫院部門負責人入選，其中包括香港大學醫學院的教授、香港醫院管理局的退休人員，以及兩名從海外歸國的醫生。其中，內科、外科、婦科、麻醉科、微生物科、放射科主任均為HKU著名教授。
壹次性“包裝”費130元。梁誌紅說，這個標準和其他收費標準還在相關部門審批中。
拒絕把紅包回扣寫進勞動合同，“包裝”收費也免去了醫生多開藥的問題。醫生的收入將與“量”無關，即不會與看的病人數和開的藥數掛鉤。醫院希望通過這種方式保證整個系統的完整性。
香港大學深圳醫院歸深圳市政府所有，由深港兩地共同組建的醫院決策和管理團隊管理。雙方在醫院管理體制、財政投入機制、人事分配制度、保障公益性、企業化運營、成本管理、服務模式以及提高服務質量和工作效率等領域進行大膽改革，推進“政事分開、管辦分開、醫藥分開、營利性和非營利性分開”。
根據深港合作協議，港大深圳醫院將堅持公立醫院屬性，納入我市公立醫院服務體系，優先滿足深圳市民基本醫療衛生需求，確保醫療衛生服務的公益性。
2013 14，深圳市衛健委在其官網發布消息，批準香港大學深圳醫院申請成為香港大學附屬醫院，同時同意增設小兒外科、腫瘤科、麻醉科，開展健康體檢服務。
2015年醫院全面投入使用時，可容納2000張床位，滿足8000名患者的日常需求。醫院將實行以臨床診療中心為主導的現代醫院服務模式，普通門診與專科門診分開，實行國際專業水平認證。
香港大學深圳醫院的成立，是深港合作的又壹創舉，標誌著深圳醫療改革的又壹突破。深港兩地將本著合作、優勢互補、共贏發展的原則，學習和引進國際先進的醫院管理制度、服務理念和醫療技術，為深圳市民提供更優質的醫療資源和服務。深圳市政府和香港大學將攜手合作，把香港大學深圳醫院建設成為國內壹流、國際知名的現代化醫院，為深港兩地醫療合作打開新局面，為深圳乃至全國公立醫院管理體制改革提供有益經驗。
香港大學深圳醫院開業後，深圳市民到該醫院就醫，收費標準和就醫流程與我市其他三級公立醫院相同。港大深圳醫院的收費和我市其他公立醫院壹樣，都需要物價部門審批。但海外人士在港大深圳醫院就醫的收費會比深圳市民貴。
醫院將實行董事會領導下的院長負責制，設立董事會、醫院管理班子和監事會。董事會負責行使醫院重大問題的決策權，醫院管理團隊負責經營管理。據悉，深港將以長期合作為目標，首期合作期限為10年。