根據對微生物和寄生蟲的控制程度，實驗動物分為普通級、清潔級、無病原體級和無菌級。第三條本辦法適用於本市行政區域內實驗動物的科學研究、生產、應用等相關活動及其管理和監督。
法律法規另有規定的，從其規定。第四條實驗動物管理應當協調統壹，加強規劃，合理分工，有利於環境保護、市場監管和實驗動物的科研、生產和使用。第五條市科學技術行政部門負責全市實驗動物管理工作，組織並監督本辦法的實施，依法審核發放實驗動物生產許可證和使用許可證。
衛生、教育、農業、質量技術監督、食品藥品監督等有關部門應當在各自職責範圍內做好實驗動物管理工作。第六條從事實驗動物工作的單位和個人應當確保生物安全，防止環境汙染，嚴格按照規定生產和使用實驗動物，禁止使用後的實驗動物進入消費市場。第七條從事實驗動物生產的單位和個人，必須按照遺傳學、寄生蟲學、微生物學、營養學、飼養環境設施等相關標準，定期對實驗動物進行質量檢查，完整、準確記錄各項操作過程和檢測數據。第八條實驗動物生產和使用的環境設施應當滿足不同等級實驗動物的要求。
不同等級和品種的實驗動物應在不同的環境設施中按照相應的標準分開管理，使用合格的飼料、籠子、墊料等物品。第九條依法設立的實驗動物質量檢測機構應當按照實驗動物國家標準，對每年飼養的實驗動物和環境設施進行質量監測，確保檢測數據的公正性、科學性和準確性。第十條因補充種源、開發實驗動物新品種或者科學研究等需要捕捉野生動物的，應當按照國家有關法律法規辦理相關手續，並及時將動物名稱、特征、數量、照片等相關信息報市科學技術行政部門備案。第十壹條必須進行免疫接種的實驗動物，應當按照《中華人民共和國動物防疫法》的規定進行免疫接種。
根據實驗要求，用於專項科學實驗的實驗動物可以不接種疫苗，但必須經市科學技術行政部門簽字，並報市動物防疫監督機構備案。第十二條實驗動物發生傳染病、人畜患病時，從事實驗動物的單位和個人應當立即向市科學技術行政部門、市動物防疫監督機構和市衛生行政部門報告，並按照有關法律、法規的規定采取有效措施，防止疫情擴散。發生重大動物疫情時，應當按照國家規定立即啟動應急預案。第十三條生產實驗動物、供應或者銷售實驗動物的單位和個人，應當提供實驗動物質量合格證明。
使用實驗動物的單位或者個人應當根據不同的實驗目的，使用相應等級和標準的實驗動物和實驗設施。
禁止使用遺傳背景不明、質量不合格的實驗動物進行科學研究、驗證檢驗和產品生產。第十四條申報科研項目、鑒定科研成果、開展驗證和檢驗，以及使用實驗動物作為原料或者載體生產產品，應當將申請合格的實驗動物和使用相應等級的動物實驗環境設施作為必備條件。
不合格實驗動物的應用或在不合格實驗環境設施中獲得的動物實驗結果無效，科研項目不得鑒定和獎勵，生產的產品不得銷售。第十五條病原體感染、化學中毒、放射性等動物實驗應當按照國家規定進行。
實驗動物屍體和廢棄物必須按照實驗動物技術規範進行嚴格消毒、密封包裝和無害化處理。
進行病原體感染實驗時，應當對實驗接觸的物品、器具進行密封和無害化處理，並對環境和場所進行嚴格消毒。第十六條從市外引進實驗動物時，應當按照國家有關實驗動物技術規範進行隔離檢疫，並取得縣級以上動物防疫監督機構出具的動物防疫合格證，同時進行質量檢驗；從境外進口實驗動物時，應當持有供貨方提供的動物物種名稱、遺傳背景、質量狀況和生物學特性，並按照《中華人民共和國進出境動植物檢疫法》辦理相關手續。