第二十五條 認證機構收到省、自治區、直轄市藥品監督管理部門轉送的企業認證申請書和資料之日起15個工作日內，應組織對企業的現場檢查。檢查前，應將現場檢查通知書提前3日發至被檢查企業，同時抄送省、自治區、直轄市藥品監督管理部門和初審部門。
第二十六條 認證機構應按照預先規定的方法，從認證檢查員庫隨機抽取3名GSP認證檢查員組成現場檢查組。檢查組依照《GSP認證現場檢查工作程序》、《GSP認證現場檢查評定標準》和《GSP認證現場檢查項目》實施現場檢查，檢查結果將作為評定和審核的主要依據。
第二十七條 認證機構組織現場檢查時，可視需要派員監督檢查工作。現場檢查時，有關藥品監督管理部門可選派1名觀察員協助工作。
第二十八條 對企業所屬非法人分支機構的檢查，按以下規定進行抽查：
(壹)藥品批發企業分支機構按其數量以30%的比例抽查；
(二)藥品零售連鎖企業門店數量小於或等於30家的，按照20%的比例抽查，但不得少於3家；大於30家的，按10%比例抽查，但不得少於6家。
被抽查的門店如屬於跨省(區、市)開辦的，組織認證的省、自治區、直轄市藥品監督管理部門應委托門店所在地省、自治區、直轄市藥品監督管理部門進行檢查。
第二十九 條現場檢查結束後，檢查組應依據檢查結果對照《GSP認證現場檢查評定標準》作出檢查結論並提交檢查報告。如企業對檢查結論產生異議，可向檢查組作出說明或解釋，直至提出復議。檢查組應對異議內容和復議過程予以記錄。如最終雙方仍未達成壹致，應將上述記錄和檢查報告等有關資料壹並送交認證機構。
第三十條 通過現場檢查的企業，應針對檢查結論中提出的缺陷項目提交整改報告，並於現場檢查結束後7個工作日內報送認證機構。