1.申請人登錄原發證的食品藥品監督管理部門申報端，或省級食品經營許可管理系統，填寫《食品經營許可註銷申請書》並附相關申請材料。
2.申請人向原發證的食品藥品監督管理部門，提交申請資料，材料齊全、符合法定形式的，予以受理；申請材料存在可以當場更正的錯誤的，允許申請人當場更正；申請材料不齊全或者不符合法定形式的，應當場或者在五個工作日內，壹次性告知申請人需要補正的全部內容。
3.符合條件的，依法作出準予許可的書面決定；不符合條件的依法作出不予許可的書面決定，在說明理由的同時，告之申請人享有依法申請行政復議，或提起行政訴訟的權利。
4.申請人到原發證的食品藥品監督管理部門食品藥品監管局窗口，領取《準予註銷通知書》或不予註銷決定書。
不註銷食品經營許可證的後果：
會產生不註銷的費用。營業執照和食品經營許可證是需要註銷的,否則在以後開店過程中是不允許設立的。經營者應盡量及時去註銷相關證件，如果不經營店鋪，也不註銷經營許可證，那麽就會產生壹定的費用疊加。
食品經營許可證是指在中華人民***和國境內，取得營業執照等，從事食品銷售和餐飲服務活動的合法主體，經食品藥品監督管理部門審查批準後發給的食品經營許可憑證。
食品經營許可實行壹地壹證原則，即食品經營者在壹個經營場所從事食品經營活動，應當取得壹個食品經營許可證。食品經營許可證發證日期為許可決定作出的日期，有效期為5年。
綜上所述，註銷食品經營許可證的，應當由當事人攜帶相關材料前往當地工商管理部門進行申請，在審核通過之後即可以註銷該許可。我國《食品經營許可管理辦法》規定，食品經營者未按規定申請辦理註銷手續的，原發證的食品藥品監督管理部門應當依法辦理食品經營許可註銷手續。
法律依據：
《食品經營許可管理辦法》
第三十七條
有下列情形之壹，食品經營者未按規定申請辦理註銷手續的，原發證的食品藥品監督管理部門應當依法辦理食品經營許可註銷手續：
（壹）食品經營許可有效期屆滿未申請延續的；
（二）食品經營者主體資格依法終止的；
（三）食品經營許可依法被撤回、撤銷或者食品經營許可證依法被吊銷的；
（四）因不可抗力導致食品經營許可事項無法實施的；
（五）法律法規規定的應當註銷食品經營許可的其他情形。
食品經營許可被註銷的，許可證編號不得再次使用。