1．創新藥物研究。
2．新產品、新工藝、新技術、新材料、新裝備的研究開發。
3．高新技術在醫藥領域的應用研究。
4．重大引進技術的消化吸收及國產化研究。
5．推動醫藥行業決策科學化和管理現代化所作的軟科學研究的有關課題。
6．醫藥基礎理論研究。第四條 科研計劃管理工作主要包括：
科研計劃的編制、綜合平衡、審批、經費分配、組織計劃實施與協調、檢查計劃的完成情況及鑒定驗收。第五條 本辦法適用於納入國家醫藥管理局的各級科研計劃項目。國家級項目另按有關規定管理。
新藥基金項目按國家醫藥管理局新藥研究基金管理辦法執行。第二章 立項原則第六條 各級醫藥科研項目必須符合醫藥行業中長期規劃發展綱要及科技發展規劃的目標要求和年度科研項目指南要求。
1．國家級項目，包括國家攻關項目、國家工業性試驗項目，國家新產品開發項目。立項原則按國家有關規定執行。
2．國家醫藥管理局級項目：應體現行業水平、為國內首次研究且無重復者。面向國家醫藥管理局系統內企事業單位及高等院、校。凡列入國家醫藥管理局科研計劃項目的系統外單位的項目，在現經費渠道未改變前，原則上仍通過所在系統渠道申請資助。
3．省（區、市）、計劃單列市醫藥管理局項目：各地醫藥管理局（總公司）可結合本地區的具體情況制訂。第七條 項目應具科學性、創造性、實用性。對該課題有關的國內外情況要經過充分調查研究，分析其必要性、可行性、預測其社會效益和經濟效益、力求選題的準確性。第八條 項目應已有壹定基礎，應經過探索性試驗確認其可行，可望取得預期成果者。申請單位具備基本工作條件、具有相應的研究能力。第三章 項目的申報和評審程序第九條 國家級項目按國家計委、國家科委制訂的辦法執行，國家醫藥管理局根據國家計劃項目的編制要求組織實施。第十條 國家醫藥管理局科研計劃項目兩年編制壹次，即單數年準備、雙數年編制、立項。個別項目可隨時進行調整和補充。第十壹條 國家醫藥管理局科技教育司於每單數年1月底提出“年度項目指南”並結合醫藥行業總體發展需要提出若幹指令性項目。項目指南和指令性項目，同時下發各省（區、市）、計劃單列市醫藥管理局（總公司）及直屬單位。第十二條 申請單位按規定內容和格式填寫項目計劃申請書（見附件壹）。經本單位學術組織或相當機構審查、篩選、簽署具體審核意見，加蓋公章後壹式八份於同年6月底報所在省（區、市）、計劃單列市醫藥管理局（總公司）。第十三條 省（區、市）、計劃單列市醫藥管理局、局直屬單位依據項目指南、並結合本地區（本單位）的情況對上報的科研項目進行論證、審查、擇優推薦。項目於同年8月31日前報國家醫藥管理局科技教育司。推薦項目需報項目申請書及論證材料各壹式五份。下達的指令性項目經各級主管部門審查後壹並上報。第十四條 國家醫藥管理局科技教育司負責匯總申報的項目，按項目專業性質，分別征求局有關司的意見，必要時可采取專家評審、或公開招標方式。第十五條 申報項目由國家醫藥管理局科技教育司綜合平衡、審核、局領導審批後，列入國家醫藥管理局科研計劃。並即通知有關科技主管部門和項目申請單位簽訂有償技術合同書（見附件二）。第十六條 凡國家計委、科委和國家醫藥管理局下達的科研計劃項目，均就納入有關省（區、市）、計劃單列市醫藥管理局（總公司）科研計劃。未納入國家醫藥管理局年度計劃的項目由省（區、市）、計劃單列市醫藥管理局（總公司）自定選入地方局項目或基層單位科研計劃。