山東省財政廳下屬9個事業單位7個駐有關市財政檢查辦事處，事業單位分別是：省財政科學研究所、省註冊會計師協會、省財政信息中心、幹部教育中心、集中支付中心、省財政投資評審中心、省財政票據管理中心、山東會計培訓學院、機關服務中心；駐有關市財政檢查辦事處分別是：廳駐濟南財政檢查辦事處、廳駐淄博財政檢查辦事處、廳駐煙臺財政檢查辦事處、廳駐濰坊財政檢查辦事處、廳駐濟寧財政檢查辦事處、廳駐臨沂財政檢查辦事處、廳駐德州財政檢查辦事處。
省財政科學研究所
負責財政科研工作，編輯出版《山東財政研究》，承擔財政學會秘書處日常工作等。
省註冊會計師協會
依法承擔註冊會計師行業自律管理職責；組織實施註冊會計師全國統壹考試；組織對註冊會計師的任職資格和執業情況檢查，擬訂並組織實施行業發展戰略和規劃；對行業會員的違法違規行為進行懲戒；組織實施註冊會計師執業準則、規則；反映涉及行業的重大問題，依法維護會員合法權益；負責註冊會計師、資產評估行業財務管理有關工作；受財政部門委托，負責起草有關經濟鑒證類中介機構的地方性法規和規章；審核經濟鑒證類社會中介機構與從業人員有關事務，監督和管理其業務工作；為有關經濟鑒證類中介機構提供人事代理服務等。
省財政信息中心
擬訂財政信息化建設發展規劃；負責研究擬訂財政信息化建設技術標準和管理辦法；負責信息化建設技術協調和管理，承擔財政業務應用系統開發、建設和運行維護工作；負責規劃、建設和管理全省財政計算機網絡體系和安全保障體系；承擔信息資源開發與服務；負責廳機關信息技術基礎設施及辦公自動化設備運行維護工作；指導市縣財政信息化建設等。
廳駐有關市財政檢查辦事處
受省財政廳授權，具體承擔轄區內財政政策執行和與省級財政有關的收支活動的監督檢查；在省財政廳領導下，實施對轄區內省級財政收支和省屬企事業單位會計信息質量的監督檢查，對國有資本收益分配、預算外資金管理使用情況以及社會審計機構的執業質量進行監督檢查，依法查處違法違規行為等。