1949年以來，黨和政府十分重視民族醫藥工作。組織大量的人力、物力，對蒙藥的發掘、收集整理、資源普查與開發利用、新藥的研制等方面做了大量的工作。在醫療、科研、教學、藥材的產、供、銷等諸方面均取得了可喜的成績。
據有關文獻統計，目前較為常用的1342種蒙藥中，蒙醫常用藥有447種，蒙醫專用262種，本區自產藥材占30%，以清熱藥、祛巴達幹藥、抑赫依藥、祛黃海水藥物為主。還有驅蟲藥、促使熱疾成型的藥物、粘藥、利尿逐水益腎藥、破痞去滯藥、止咳化痰藥、瀉下藥、止瀉藥、滋補強壯藥等17類。其中植物藥占313種，動物藥占66種，礦物藥48種，其他23種。這些藥物中有些是動植物的全體，如方海、扁蕾、香青蘭；有些只是動植物體的壹部分，如狐肺、草烏葉；也有些是動植物分泌或滲出的物質，如牛乳、珊瑚、黑雲香；有些是經過加工制得的物質，如灰鹽（草木灰水浸汁經過濾蒸發所得結晶物），馬奶酒（鮮馬奶經過發酵而釀成）；礦物藥中有些是天然礦石，如禹糧土（壹種含鐵粘土）、青金石等軸晶系（Na，Ca）8[AISiO4]6（SO4，CI，S）2或如紅銅炭之類的加工品，有的則是諸如龍骨、石燕等動物骨化石。
在眾多的蒙藥中有不少種藥材是蒙藥專用品種（即只有蒙醫習慣使用的藥物），在常用蒙藥中約有140種。如：廣棗，蒙醫用於心悸、心絞痛心臟病；沙棘，蒙醫用來止咳去痰，活血化瘀；藍盆花，蒙醫用於清肺熱和治療肝熱病；文冠木，蒙醫用於清熱燥濕、治療風濕、痹癥。現代有關科學研究都證實了它們的藥效確切，療效可靠。這此藥物中醫從來就不用。
還有許多藥材蒙醫用，中醫也用，這類藥材習稱中蒙藥交叉品種。在常用蒙藥中約有180種。這些藥材雖然中醫和蒙藥都用，但是由於各自理論體系不同，實踐經驗有別，因此，對這些藥物的認識和應用也就必然有所差異。以訶子為例：訶子，蒙醫視為眾藥之王，廣泛應用。認為“訶子具鹹外五味”（清·伊希巴拉珠爾《認藥白晶藥鑒》），“為治諸病之上品”（清·羅布桑卻配勒《蒙醫藥選編》），主治“三邪”諸癥，血癥，黃水癥以及解毒，調中，補益。因此，臨床各科配方常不可少之。如清·吉格木德丹金紮木蘇的《蒙醫傳統驗方》316方中，含有訶子的藥方占壹半多，足見訶子是蒙藥中的最常用品種。而中醫則壹般以其澀腸止瀉，斂肺和咽，在其他方面用得很少。
有些蒙藥與中藥雖然來源於同種植物，但是取用部位不盡相同。如：達烏裏龍膽，蒙藥用其花（小秦艽花），中藥則用其根作秦艽用，石榴，蒙藥用其果實或種子，中藥則用果皮。上邊談到的廣棗，蒙藥用它的果實，中醫偶有用其樹皮治燙傷。草烏，中藥僅用它的塊根，蒙藥不但用其塊根，還分別用草烏芽、草烏花.真可謂對草烏資源的充分利用。蒙藥品種從總體上有著上述特點外，還具有壹定的地域特點，與地理、資源條件相適應。如廣棗、三七、木香、山柰、姜黃、馬錢子、胡椒、益智仁、肉桂、沈香等蒙藥材生長在長江以南地域，具有熱帶、暖溫帶特點的藥材在蒙藥中占壹定的比例，蒙醫習稱其為南藥，在常用蒙藥中約有110種。人參、北沙參、苦參、甘草、草烏、百合、沙棘、文冠木、多葉棘豆、狼毒、肉蓯蓉等蒙藥材生長在長江以北，蒙醫習稱其為北藥，在常用蒙藥中約有220余種。