1、化學分子式不同
檸檬酸：C6H8O7，檸檬酸鈉：Na3C6H5O7·2H2O。
2、味道不同
檸檬酸：有很強的酸味，檸檬酸鈉：有清涼鹹辣味。
3、用途不同
檸檬酸：
可做為食品的酸味劑,抗氧化劑,pH調節劑,用於清涼飲料、果醬、水果和糕點等食品中。用於醫藥工業占10%左右,主要用作解酸藥、矯味劑、化妝品等。
用於化學工業等占15%左右,用作緩沖劑、絡合劑、金屬清洗劑、媒染劑、膠凝劑、調色劑等。在電子、紡織、石油、皮革、建築、攝影、塑料、鑄造和陶瓷等工業領域中都有十分廣闊。
檸檬酸鈉：
檸檬酸鈉在食品、飲料工業中用作酸度調節劑、風味劑、穩定劑；在醫藥工業中用作化痰藥和利尿藥；在洗滌劑工業中，可替代三聚磷酸鈉作為無毒洗滌劑的助劑；還用於釀造、註射液、攝影藥品和電鍍等。
4、原料不同
檸檬酸：
天然的檸檬酸存在於植物如檸檬、柑橘、菠蘿等果實和動物的骨骼、肌肉、血液中。人工合成的檸檬酸是用砂糖、糖蜜、澱粉、葡萄等含糖物質發酵而制得的，可分為無水和水合物兩種。純品檸檬酸為無色透明結晶或白色粉末，無臭，有壹種誘人的酸味。
檸檬酸鈉：
檸檬酸+氫氧化鈉法：最早研究開發的生產工藝是將檸檬酸溶於水,加入氫氧化鈉溶液中,發生中和反應並產生大量的熱,經過濾濃縮結晶幹燥等工序處理得到成品。
檸檬酸+純堿法：中和法改良工藝,作為原料的純堿易采購好保存並且生產成本低的優勢;是目前各工業企業普遍采用的生產方法。
檸檬酸+小蘇打法：采用高品質的小蘇打,按計算量溶於水後與檸檬酸中和,經濃縮結晶等工序處理,制備藥品級檸檬酸鈉。其特點是反應條件溫和,產品質量好,工藝操作性好。目前本法主要在部分藥劑廠使用。
檸檬酸鈣+純堿法：是利用檸檬酸鈣與純堿混合發生復分解反應,濾除不溶物而獲取檸檬酸鈉的。
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