新版藥典分為壹部、二部和三部，共收載4567個品種，其中新增1386個，並對原藥典品種質量標準進行了系統修訂提高，收載藥材及飲片、植物油及提取物、配料及單味制劑等2237個、藥典Ⅱ》收載化學藥品、抗生素、生化藥品、放射性藥品和藥用輔料等，品種***計2165種，其中新增1019種（增幅高達89%），修訂612種（覆蓋率53%），品種***計2271種，其中新增330種（增幅15%），修訂1500種（覆蓋率76%）：藥典 III》收載生物制品 131 種。
新版藥典附錄也有較大變化，壹、二、三***新增附錄47個（增加14%），修訂162個（覆蓋率49%）。
新版藥典在法規、正文、附錄等方面進行了全面的改進和提高，特別是在藥品的安全性、有效性和質量的控制方面尤為關註和重視，主要特點如下：
1、新增與淘汰並重，收載品種大幅增加。
新版藥典擴大了收載品種範圍，基本涵蓋了《國家基本藥物目錄》品種範圍。新版品種收載範圍占43%，修訂範圍占70%，都是增幅最高的，特別是重點解決了長期以來中藥飲片國家標準缺失和常用輔料不足的問題。
針對部分標準不完善、多年未生產、不良反應多的藥品，淘汰了2005年版收載和新版藥典未收載品種36個，逐步形成完善的《中國藥典》收載品種新增和退出機制。
2、現代分析技術和色譜柱應用進壹步拓展。
在廣泛收集國內外先進技術和實驗方法的基礎上，將成熟的新技術列入附錄，如增加了離子色譜、核磁**** 振動波譜、拉曼光譜準則等、附錄中的內容與國際藥品質量控制的方法和技術基本壹致；在加強中藥材和飲片質量控制中發展和完善了液相色譜質譜聯用、液相色譜質譜聯用、DNA分子鑒定、薄層-生物鑒定等中藥材質量控制方法。DNA分子鑒定、薄層-生物自顯影等新技術、新方法提高了分析的靈敏度和特異性，解決了常規分析方法無法解決的問題，總有機碳測定法和電導率測定法廣泛應用於純化水、註射用水等標準品中。
3、藥品安全保障進壹步加強
在附錄中新增了溶血和凝血檢查、抑菌劑效價檢查的指導原則，明確了眼科制劑按無菌要求配制的原則，明確了用於燒傷或嚴重創傷的外用劑型按無菌要求配制的原則等、藥典規定，中藥註射劑要增加重金屬和有害元素的合格標準，長期使用的藥品或兒童常用藥品及硬膠囊劑要增加重金屬和有害元素檢查，黴變中藥材及飲片要增加黃曲黴毒素檢測。
4、藥品質量可控，保障效果進壹步提高。
附錄新增了電感耦合等離子體原子光譜法、修正原子吸收光譜法、重金屬檢查法等，形成了較為完善的重金屬和有害元素的控制檢測方法體系，大幅度增加了符合中藥特點的專屬鑒定，另外對礦物藥有較強的專屬薄層鑒定方法。
五、藥標內容更加科學、規範、合理
為適應合理用藥監管的需要，《通則》在新藥制劑輔料總體要求中，又對異物檢查方法作了進壹步規定，即抽樣要求、監測次數和時限。藥典壹是規範和修訂了中藥材的拉丁學名，以與國際通用的表述相壹致外；明確了入藥均為飲片。從標準收載體例上明確了（性味與歸經）、（功能與主治）、（用法與用量）為飲片的屬性，藥典收載的標準力求完整、合理、實用、有效。
6、鼓勵技術創新，積極參與國際協調。
新版藥典積極推進自主創新，根據中藥理論和中藥成分的復雜性，積極研究和引進能夠體現中藥整體特點的 "壹檢多評 "方法、色譜特征和指紋圖譜等有效的質量控制方法。
此外，新版《藥典》強調了保護野生藥材資源的要求，充分體現了中藥可持續發展的理念，在相關國際公約的基礎上，明確不再增加對瀕危野生藥材的采集，從國家標準的角度，積極引導和扶持藥材人工種養產業化發展。