資產類 反映醫院全部資產狀況的總賬科目，按資金的流動性強弱，分為“現金”、“銀行存款”、“其他貨幣資金”、“應收票據”、“應收在院病人醫藥費”、“醫療應收款”、“其他應收款”、“壞賬準備”、“庫存物資”、“在加工材料”、“待攤費用”、“長期投資”、“固定資產”、“累計折舊”、“固定資產清理”、“在建工程”、“無形資產”、“待處理財產損益”等科目。負債類 反映醫院全部負債狀況的總賬科目，按不同的債權人和債務類型，分為“醫療預收款”、“應付票據”、“應付賬款”、“其他應付款”、“應付工資”、“應付福利費”、“應付社會保障金”、“應交藥品收入”、“預提費用”、“長期應付款”等科目。基金類 反映醫院全部基金狀況的總賬科目，按基金的用途，分為“事業基金”、“專項基金”、“待沖基金”、“收付結余”、“結余分配”等科目。
收支類 反映醫院全部收入和費用支出狀況的總賬科目，按收入的來源和支出和去向，分為“醫療收入”、“醫療業務成本”、“其他收入”、“其他支出”、“財政補助收入”、“財政補助支出”、“科教項目收入”、“科教項目支出”、“管理費用”、“投資收益”等科目。 醫療收入設置的壹級明細科目為：門診收入 提供門、急診服務取得的各項收入。包括掛號收入、診察收入、檢查收入、治療收入、其他收入等二級明細科目。住院收入 為住院病人提供診察服務取得的收入。包括床位收入、診察收入、檢查收入、治療收入，為門診、急診、住院病人的醫療服務中銷售藥品的收入，分別設置西藥收入、中成藥收入、中草藥收入等二級明細科目。其他科目 會計科目的內容、記賬方法、核算方法等，《醫院會計制度》內均作了明確規定。