壹、由於醫院實行銷售零差價，藥店實行不超過15%加價的銷售方式，即醫院的藥品進價和銷價相同，而藥店實行進價基礎上加價最多15%銷售，再加上進貨廠家不同的因素以及不同的進貨時段，造成同樣藥品在醫院和藥店各不相同。
二、醫院部分藥品價格高於社會藥房的情況確實存在，產生的原因如下：1、藥品的商品屬性：藥品雖然有救死扶傷的特殊性，但是在市場經濟環境下，它畢竟還是屬於商品，任何商品都會存在價格差異。譬如，大商場銷售的服裝與地攤上的服裝價格就存在很大差距。
2、政策層面的問題：
1）國家藥品價格定價體系就允許藥品存在價格差異，目前，我國藥品價格定價有國管價、省管價、企業自主定價、政府招標價等。本身就存在同壹種藥物，不同產地、不同生產廠家、不同進貨渠道的價格不同的現實。因此醫院部分藥品價格與社會藥店價格存在差異，是體制、機制和市場結構中存在的矛盾和問題的綜合反映。不是醫院自身的問題。
2）醫院不能自主確定藥品價格。現在我院藥品價格都是執行的湖北省藥品集中招標采購價格，按照國家規定：執行藥品招標價，及不能漲價，也不能降價。衛生部2011年頒布的《藥品集中采購監督管理辦法》第十七條第（四）款規定：“不執行集中采購藥品價格，二次議價、變相壓價，或者與企業再簽訂背離合同實質性內容的補充性條款和協議的；”屬於違規行為，“由衛生行政、工商行政管理等部門依法給予處理：”
三、社會藥店采購藥品，是直接用現金去藥品物流公司進貨，銷售價格可以自定。醫院藥品采購必須從省政府藥品集中招標采購平臺進購。藥品供應公司必須開具正規的藥品銷售發票，其中稅率17%。再者，由於國家對醫院財政補償不足，準許醫院藥品銷售在進購價基礎上順加15%。這也是藥品價格存在差異的原因之壹。
四、醫院承擔著救死扶傷、災情應急等社會責任，沒有利潤的藥，或者是貼錢的都要用；用不完面臨報廢的藥品，必須備。每家醫院，每年都會因備用藥品報損承擔壹筆不小的費用。社會藥房不承擔急救、災情、突發事件的藥品供應職責，可以挑選好賣的、有利潤的藥品賣，壹個藥店有多少品種？300~500個就了不起了。醫院常規備用藥品上千種。這有可比性嗎？況且，藥店價格可以自己根據市場情況定，醫院是絕對不行的。
總之，因為醫院和藥房進藥的渠道不壹樣，所以價格也不壹樣，另外醫院的藥物都是比藥店的藥貴壹些，醫院的藥物都是保證正規醫藥品牌。