牡丹的應用最早是從藥用開始的。神農本草經》中就有記載。藥用部分是牡丹的根皮，稱為丹皮，含有多種藥用成分，主要藥用成分是牡丹酚（C9H10O3）、牡丹酚苷、牡丹酚原苷、牡丹甙，還含有揮發性和植物甾醇等。最好的丹皮產於安徽銅陵鳳凰山，四川墊江、安徽亳州、山東菏澤等地也有丹皮出產。
丹皮具有抗菌消炎、鎮靜鎮痛、降壓、解痙、清熱化瘀等作用，還具有殺菌作用，是壹味名貴中藥材。目前，應用丹皮發明的方劑已有數十種，同時，牡丹皮的藥理研究在化學成分、藥理作用等方面也取得了壹定的進展。其抗動脈硬化、降血壓、降血糖、抗驚厥、保肝、利尿、抗菌消炎、保護心肌細胞、影響血液流變學、保護腦組織等作用已被實驗研究證實，為牡丹皮的進壹步開發提供了實驗依據。
牡丹花營養豐富，具有很高的藥用和食用價值。目前，各地食用牡丹花已成為壹種時尚，並形成了許多配方。牡丹花被制作成牡丹飲品、牡丹茶、牡丹酒、牡丹醬、牡丹花糕點等，不僅具有保健功能，而且花瓣香味濃郁，可以食用。經過多年的探索，已經形成了完善的配方和完整的工藝流程。目前，牡丹鮮花月餅和牡丹醬已實現批量生產。
1.牡丹花飲料：它是以新鮮牡丹花發酵液、浸漬液為原料，加入適量蔗糖、蜂蜜、檸檬酸，經特殊工藝加工而成的純天然牡丹花汁飲料，不添加任何色素和防腐劑。
2.牡丹花茶：以牡丹花為原料，研制的牡丹花茶具有美容、安神、養血、調經、降壓等功效。
3、牡丹花酒：以牡丹花和多種鮮果為原料，配以蔗糖、蜂王漿，經多年發酵精制而成，花香濃郁，清爽可口，營養豐富，是酒中珍品。牡丹液可制成牡丹花酒，以牡丹花為原料，純糧釀造，工藝簡單，操作方便，花瓣碩大，顏色各異。
4.牡丹醬香糕點：牡丹花富含高效生物活性物質，可加工成牡丹醬食用，也是制作糕點的重要原料和調味品。直接使用牡丹鮮花瓣，經過清洗、瀝幹、揉搓等工序，加入白糖，發酵制成牡丹醬，可直接食用。還可以制作成牡丹月餅和牡丹糕點，中秋節經常食用。