我國衛生部發布的微生物指標有食品菌落總數、大腸菌群和致病菌三項。
1、菌落總數
菌落總數是指食品檢驗樣品經壹定條件處理和培養後，1g或1ml樣品中所含細菌菌落總數。它能反應食品的新鮮度、細菌汙染程度、食品腐敗變質的生產過程和食品生產的總體衛生狀況。因此，它是判斷食品衛生質量的重要依據之壹。
2、大腸菌群
大腸菌群包括大腸埃希氏菌和壹些需氧菌的中間類型菌。這些細菌是人和溫血動物腸道內的常駐菌，它隨糞便排出體外。食品中的大腸菌群數量越多，說明糞便汙染程度越高。因此，用大腸菌群作為糞便汙染的衛生指標來評價食品質量具有廣泛的意義。
3、致病菌
致病菌能使人產生病菌。針對不同食品、不同場合，應選擇壹定的參考菌群進行檢測。例如：海產品以副溶血性弧菌為參照菌群，蛋及蛋制品以沙門氏菌、金黃色葡萄球菌、葡萄球菌等為參照菌群，米、面食品以蠟樣芽孢桿菌、葡萄球菌、黴菌等為參照菌群，罐頭食品以耐熱桿菌等為參照菌群。
4、黴菌及其毒素
我國目前尚未制定黴菌的具體指標，鑒於有許多黴菌能產生毒素，引起疾病，因此應對有毒黴菌進行檢測。例如曲黴菌、寄生曲黴菌等，青黴素酶屬中的橙青黴素酶、島青黴素酶等，鐮刀菌酶屬中的珠狀鐮刀菌酶、禾本科鐮刀菌酶等。
5、其他指標
微生物指標還應包括病毒、肝炎病毒、豬瘟病毒、雞新城疫病毒、馬立克氏病毒、口蹄疫病毒、狂犬病病毒、豬水泡病病毒等。此外，從食品檢驗的角度考慮，寄生蟲也被許多學者列為微生物指標：如旋毛蟲、囊尾蚴、活肉孢子蟲、蛔蟲、肺血吸蟲、弓形蟲、蟎、蟎蟲等。