使用消毒藥要註意以下事項：
（1）要根據不同的消毒對象、消毒目的選擇不同的消毒產品
①活畜消毒
是指對動物體表的消毒。多采用無腐蝕、無刺激、無毒性的消毒劑，進行噴霧消毒。比較好的消毒藥是季銨鹽類消毒藥和壹些氯制劑。②環境消毒多采用有機氯消毒劑、高錳酸鉀、過氧乙酸等高效消毒劑。③器械消毒多采用紫外線照射和高溫高壓滅菌法。
（2）要按病原微生物的特性選藥
例如，要殺滅細菌芽孢或非囊膜病毒，則必須選用高效消毒劑（過氧乙酸、甲醛、含氯類消毒劑），而不能選擇季銨鹽類等陽離子表面活性劑。表4-1可供參考。
表4-1消毒藥選用壹覽表
（3）註意消毒劑的濃度選擇
通常消毒劑的消毒效果與其濃度成正比，使用時應不低於有效濃度或適當增加濃度；不應盲目增加消毒濃度，過高的濃度往往對消毒對象不利，造成不必要的浪費和經濟損失。
（4）必須先清理後消毒
溫度、酸堿度（pH）對消毒劑的消毒效果都有很大影響，應根據不同環境選擇合適的消毒藥品。
消毒現場通常會遇到各種有機物，如分泌物、膿液、飼料殘渣及糞便等，這些有機物的存在不僅能阻礙消毒藥直接與病原微生物接觸，還能中和並吸附部分藥物，使消毒作用減弱。因此，在消毒藥物使用前，應進行充分的機械性清掃，清除消毒物品表面的有機物，使消毒藥能夠充分發揮作用。消毒劑受有機物影響程度也有所不同，氯制劑消毒效果降低幅度大，季銨鹽類、過氧化物類等消毒作用降低明顯，戊二醛類及碘伏類消毒劑受有機物影響較小。
（5）消毒的作用時間
壹般情況下，消毒劑與微生物接觸後，要經過壹定時間後才能殺死病原，所以消毒後不要很快進行清掃。作用時間若太短，往往達不到消毒的目的。另外，進行畜群飲水免疫時，不能進行飲水消毒和飲水工具的消毒。
（6）選擇正規的消毒產品
目前，市場上銷售的消毒藥品名稱繁雜，使用說明誇大其詞，如果盲目相信其誇大的作用，結果不免使人失望。因此，養殖戶在選擇消毒藥品時應到正規的獸藥銷售單位，選擇正規廠家生產的產品。
（7）消毒劑的恰當配合使用
良好的配方能顯著提高消毒的效果。例如，季銨鹽類消毒劑用70%乙醇配制比用水配制穿透力更強，殺菌效果更好；戊二醛和環氧乙烷聯合應用，二者具有協同效應，可提高消毒效力；另外，使用具有殺菌作用的溶劑，如甲醇、丙二醇等配制消毒液時，常可增強消毒效果。當然，消毒藥之間也會產生頡頏作用，如酚類（石炭酸、復合酚等）不宜與堿類消毒劑混合，陽離子表面活性劑不宜與陰離子表面活性劑（肥皂等）及堿類物質混合，因此，消毒藥不能隨意混合使用。