1931年11月20日，我校前身 "中國工農紅軍醫藥學校 "在江西瑞金成立。1932年10月，更名為 "中國工農紅軍衛生學校"，開始招收第壹期轉業班。1939年4月，在我校第九期學員中，開始舉辦高級制藥班。1940年9月，學校更名為 "中國醫科大學"，第九期學生畢業時，通過專題實驗，合成制備了苯汞水揚酸、硫酸亞鐵、硫酸鈉等化學藥品，並舉辦了小型展覽。1947年7月，學校成立了藥物研究室，在龍在雲、胡振凱等老師的帶領下，開展了磺胺類藥物的研究。在龍在雲、胡振凱等老師的帶領下，開展磺胺類藥物的合成、用豬肝制肝膏、制備肝精註射液、改進糖轉化制備工藝等工作。9月，學校更名為 "東北制藥專門學校"，12月，藥物研究室通過實驗研究開辟磺胺的合成路線，得到磺胺（SN）晶體。12月，藥物研究室通過實驗研究開辟了磺胺的合成路線，獲得了磺胺（SN）結晶，並在佳木斯東北制藥廠放大投產，滿足了解放戰爭的急需。為此，東北民主聯軍衛生部給胡振凱等同誌記三等功以示鼓勵。
1948年10月，東北藥學院開始制定藥學專科和藥學系、分析系的教學計劃。藥學專科學制壹年，制藥系、分析系學制兩年。同時，學校從全校學生中選拔了40多名高學歷學生組建了藥學系，開始上數、理、化等基礎課。
1948年11月，學校遷至沈陽，接管原沈陽醫學院藥學系，成立中國醫科大學藥學院。1949年4月，為適應建設新型正規化大學的需要，學校更名為 "東北藥學院"。8月18日，根據東北局、東北行政委員會 "八壹決定"，為培養高等醫藥專門人才的需要，學校成立藥學、分析、藥劑三個系，學制四年，實行本科教育。
藥學系下設制藥系，開始招收本科生。1955年8月，經全國高校院系調整，浙江醫學院藥學系和山東醫學院藥學系合並為我校。1956 年 9 月 1 日，學校更名為沈陽藥學院。1958年8月1日，沈陽醫藥工業學校並入我校，下設化學制藥加工系、抗菌素制造工藝和化學三個本科專業。1962年抗菌素專業按政策調整停辦，至1974年恢復招生。1979年抗菌藥物專業在教學、科研的基礎上有了長足的發展，成為微生物制藥專業。隨著學校事業的發展，藥學系分別於1956年、1984年開始招收藥物化學碩士、博士，1984年、1998年分別開始招收微生物藥學和生化藥學碩士、博士。
幾十年來，藥學系在各級領導的關懷下，在全體同仁的不懈努力下，走出了壹條健康發展的道路，它在我國醫藥事業的蓬勃發展過程中壹直發揮著重要作用。1976 年粉碎 "四人幫"，學校藥學高等教育進入新的發展時期！1976 年粉碎 "四人幫 "後，學校藥學高等教育進入了壹個新的發展時期，藥學系進入了壹個新的發展階段，辦學規模不斷擴大。在招收化學藥物制劑工藝、抗菌藥物制劑工藝專業本科生的基礎上，又開設了藥物化學、生物制藥專業本科生，同時開始招收藥物化學專業碩士、博士研究生，微生物學、生化藥學專業分別招收碩士、博士研究生。1994 年，經國家教委批準，沈陽藥科大學更名為沈陽藥科大學。學校設有壹院三系三部（藥學系、藥劑系、中藥系、工商管理學院、基礎教育部、政教部、體育部）。藥學系下設化學制藥、微生物制藥（由抗菌藥物生產工藝專業更名而來）、藥物化學、生物（技術）制藥四個專業。1995年，該校與吉林大學聯合培養生物（技術）制藥專業本科-碩士六年制學生。
隨著高等教育和醫藥事業的快速發展，凝聚著艱苦奮鬥、自強不息、頑強拼搏的革命傳統和勇攀科學高峰精神的藥學系，在學科建設、師資隊伍培養、教學科研等方面，都發生了日新月異的變化。在迎來沈陽藥科大學建校70周年之際，學校批準撤銷醫院系，2001年6月，原基礎有機化學教研室、無機化學教研室、科研二室合成辦公室、藥學系、藥物化學教研室並入制藥系，合並為制藥工程學院。2002年6月，制藥工程學院對教研室進行了合並調整，將原有的十三個教研室合並為制藥工程學院；2002年6月，制藥工程學院對教研室進行了合並調整，將原有的十三個教研室重組為七個教研室和兩個實驗中心。至此，制藥工程學院現設有化學制藥和生物制藥兩個系，下設八個教研室和兩個教學實驗中心。
2006年底，學校根據辦學發展需要，成立了生命科學與生物制藥學院，對制藥工程學院進行了重新規劃設置，學院現設有藥物化學與制藥工程和環境科學兩個專業，下設5個教學科研實驗室、2個教學實驗中心。學院開設的 "藥物化學""化學制藥工藝 "課程為國家級精品課程，學院下設的 "制藥工程 "專業為國家級特色專業。