1，覆蓋對象不同:
(1)只有農民才能參加農村合作醫療，必須全家為單位參加。國家實行這壹政策，是為了解決農民“因病致貧、因病返貧”的問題，減輕他們的經濟壓力，保障他們的基本衛生服務；
(2)城鎮職工基本醫療保險是由用人單位和個人共同出資建立的醫療保險基金，是國家為補償勞動者因疾病風險造成的經濟損失而建立的社會保險制度。而且規定鄉鎮企業、職工、城鎮個體經濟組織業主及其從業人員也要納入基本醫療保險範圍。
2.不同的支付方式:
(1)農村合作醫療是農民自願參加，個人繳費、集體供養和政府資助相結合，不能提高農民個人每年的繳費標準。目前農村合作醫療不到10元。當然，標準是根據地區經濟條件來劃分的。條件好的地區，繳費標準可能會高壹些。醫保繳費標準為每年100元、200元、300元、400元、500元，各地根據自身情況設定繳費水平；
(2)城鎮職工基本醫療保險費由用人單位和職工雙方繳納。用人單位的繳費率應控制在職工工資總額的6%左右，職工的繳費率壹般為其工資收入的2%。小金想說的是，用人單位的繳費率和職工的繳費率都不會保持不變，而是可以隨著經濟的發展進行相應的調整。
3.不同待遇:
(1)不同級別的醫療機構對農村合作醫療費用的補助是不壹樣的。縣內壹級醫院、200元的二級醫院和縣外醫院的補助比例也不壹樣，縣內壹級醫院60%，二級醫院50%，縣外醫院40%。
(2)城鎮職工基本醫療保險是參保人除了個人賬戶費用外，還可以享受住院、大病補助、特殊疾病醫療費用的壹次性待遇，聽起來優惠很多。與農村合作醫療不同，城鎮職工醫療保險是統賬結合。
法律依據:《中華人民共和國社會保險法》第二十八條。
符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準和急診搶救的醫療費用，按照國家規定由基本醫療保險基金支付。