新醫改之前，醫院以藥補醫是壹個弊端，即醫生在治病的過程中自己掙工資，開的藥越多越貴，收入越高(賣的藥越多，拿的提成越多)，導致醫生為了多掙工資，不顧患者的承受能力，隨意漲價、加藥，造成看病難、看病貴的問題。
“以藥補醫”政策制定於上世紀50年代，當時國家財力不足，對公立醫院的補貼有限。這壹政策在歷史上對保證公立醫院的運行和發展起到了積極的作用。但是，從目前的情況來看，也出現了壹些新的問題。由於監管制度的缺陷和公共財政投入的嚴重不足，公立醫院以藥補醫的做法助長了醫院的逐利傾向，導致公立醫療機構的運行和發展嚴重依賴藥品收入，開大處方、多用藥、用貴藥，加重了人民群眾的醫療費用負擔。
全國衛生工作會議於2002年10月5日在北京召開。衛生部部長諸宸表示，“十二五”醫改需要突破八個關鍵問題，取消“以藥補醫”就是其中之壹。另外，醫患關系要在“十二五”期間得到根本改善。諸宸說，為了衛生隊伍的長期建設，這種機制遲早要改變。他要求各地衛生行政部門充分發揮醫保補償作用，穩步推進價格改革，力爭“十二五”期間在全系統安全有序地消除以藥補醫的弊端。2011先開300個試點縣，2013在縣級醫院廣泛實施，2015在所有公立醫院全面實施。
“十二五”期間要突破的重點問題包括全面推進支付制度改革、鞏固完善基層醫療衛生機構新型運行機制、全面建立信息公開制度、全面推進藥品集中采購等。