樟樹藥交會是1958年經國務院批準的三個藥交會之壹，在計劃經濟時期，國家主要是根據制定的藥品(藥材)生產計劃通過在三個藥交會上來落實：上半年的企業生產計劃在樟樹藥交會落實，下半年的在河北省安國縣的安國藥交會落實，河南省輝縣百泉藥交會主要調整每年生產計劃的余缺。樟樹藥交會的發展主要經歷了三個時期：
1、辦會初期(1958-1965年)
1958年10月，解放後的第壹次樟樹全國藥材交流會在清江飯店舉行。到會代表100人，成交(訂單)金額150萬。1958-1965年，***召開10次樟樹全國藥材交流會，累計到會代表5000多人，成交額達5億多元。隨後的十年內亂，百業雕零，樟樹藥交會亦未能幸免，停辦了16年。
2、快速發展期(上世紀80年代初至21世紀初)
此時期，大會在軟硬件、成交額、人氣、規模、影響力都取得了極大發展和提高。
1980年11月，樟樹恢復舉辦了樟樹第11屆全國藥材交流會。此次交流會中西合璧，有中藥材、中成藥、西藥、藥械。到會單位1041個，代表2673人，交流品種7000多種，成交金額12439萬元。
1982年，清江縣委、縣政府新建高10層的藥都賓館作為藥交會吃住場所，以及2.5萬多㎡的藥材交易市場,有攤位2000余個，展館200多間，這使大會有了正規固定的交易場所和食宿點。
1988年12月，清江撤縣設市,成立樟樹市藥業管理局，負責藥都樟樹藥業的日常工作和壹年壹次的全國藥材交流會。
1989年，緊臨藥都賓館新建以藥都大廈為主體的15000㎡交易場所，交易展館200多間，攤位2000多個，與藥都賓館連成壹體，硬件施設進壹步擴大。該年的第20次樟樹藥交會成交金額首次突破10億元大關，顯示出改革開放後樟樹藥交會強大的生命力。自此以後，每年的藥交會參會人數、品種、成交金額均直線上升。進入九十年代，隨著國民經濟不斷發展，全國醫藥行業日新月異，樟樹藥交會更是年年創新高。
1998年，樟樹第29次全國藥材交流會到會代表集中，人數穩中有增，廠商3千多家，人數逾3萬人；交易活躍，參展的藥材5000余種，其中成藥1800余種，形成藥材與成藥並存，藥品與藥械***榮的局面。
1999年第30次至2001年第32次藥交會的參會人數及成交金額都在以上幾屆樟樹藥交會之間徘徊。
3、轉型發展期(2002年至今)
隨著市場經濟的發展，現代營銷手段的推廣，現代信息技術和通訊工具普及，傳統藥交會的功能及作用受到沖擊。為振興樟樹藥業，弘揚藥都品牌，市委、市政府審時度勢，提出了不以盈利為目的，以社會綜合效益為主，舉全市之力辦好樟樹藥交會的辦會思路，使樟樹藥交會形式更活，內容更多，檔次更高，形象更好,為彰顯中國藥都悠久的藥文化和產業化優勢，宣傳中國藥都樟樹，擴大醫藥招商引資起得了顯著效果。樟樹藥交會由此增加了新的活力，帶來新的發展機遇。
2002年，樟樹全國藥交會的會場設到樟樹中藥材專業市場內的商務會展中心(建築面積8000㎡)為主會場，設300多個3×3㎡的國際標準展位，另在市場內設立1000余個露天藥材展棚(2×2㎡)。
2005年，江西省人民政府首次主辦大會，使大會檔次更高、客商更多、交易量更大、影響力更強，大會期間在樟樹舉辦首屆全省招商引資洽談會，收效明顯。
2006年，樟樹第37屆全國藥交會期間，舉辦了“同壹首歌·走進藥都樟樹”演唱晚會。修建用於藥交會開幕式使用的“藥都廣場”，藥交會的硬件設施進壹步完善。
2011年的樟樹第42屆全國藥材藥品交易會圍繞“創新、健康、合作、發展”四大主題，再次獲得圓滿成功。據統計，本屆大會各項指標均超歷史，其中：參會的全國醫藥廠商達9100余家，參會代表8.6萬余人；參展企業達510余家，參展品種12000余個，成交額達26.8億元。簽約醫藥產業項目28個，投資額44.72億元。大會不僅進壹步提升了樟樹乃至江西省的對外形象，而且擴大了全省對外開放合作，促進了區域經濟發展，在海內外醫藥界產生了強烈反響。
自大會在新建的中藥材市場舉辦以後，樟樹藥交會的二個傳統特色明顯加強：壹是中藥材現貨交易非常活躍。大會期間，中藥材專業市場內***設置1000個藥材展棚，有來自貴州、雲南、甘肅、寧夏、新疆、浙江及東北三省等全國各大道地中藥材主產區的藥商擺攤設點，集中了人參、冬蟲夏草、鹿茸、天麻、枸杞、當歸、黨參、田七、海龍、海馬等全國各種名貴中藥材，進行現貨交易。中藥材的交易無論是規模、人氣、交易量和影響力，在全國醫藥會展業獨壹無二。二是成為全國膠類企業營銷主戰場。大會集中了全國所有的20多家膠類(阿膠、鹿膠、龜甲膠)生產企業，如山東東阿阿膠集團、山東福牌阿膠集團、河南輔仁堂藥業等全國知名制藥企業，這些企業紛紛投入巨資，大打營銷戰，銷售異常活躍，近幾屆藥交會，僅東阿阿膠集團銷量就達1000多萬元，樟樹藥交會已成為全國膠類制藥企業必爭之地。正如山東東阿阿膠公司副總經理程繼忠說：“別的藥交會可以不去，但樟樹藥交會我們每年必到。”