博士是壞人。毛利是超人
另外，柯南的解藥，竟然是愛的力量
青山剛昌終於透露了柯南的結局
"最近，小學館方面在接受雜誌采訪時表示，打算在今年內預定完結《名偵探柯南》"。
"根據小學館方面的考證，雖然《名偵探柯南》取得了空前的成功，但考慮到現在劇情已經進入白熱化階段，再拖下去只會降低故事的欣賞性，所以雖然有些遺憾，但也只能保證劇情優先"。
"而對於大家最關心的結局問題，作者青山剛昌並沒有透露太多，只是表示會出乎大家的預料，而動畫會在漫畫完結前完結，最終完整的劇情也會在漫畫內得到徹底的解答，至於柯南完結後基德的創作故事還會不會繼續，青山表示："柯南完結後基德的創作故事還會繼續：青山說："我還沒有考慮太多，但如果讀者喜歡，也沒有什麽不好"。
青山先生正式給出了 "小哀 "問題的最終答案。"小哀 "在最後幾集中被組織以非常隱秘的方式槍殺，青山先生為這部分創作的漫畫也已經完成。青山先生說，在小哀生命即將結束的時候，她與柯南{工藤新壹}的對話非常經典，她就這樣放棄了這段不屬於她的感情。而小蘭被組織綁架，柯南開始了與組織的最後決戰。至於結局，別想得太樂觀，青山老師說過，壹定會讓大家大吃壹驚的！
阿笠博士的真實身份
黑衣人的真正頭目是阿笠博士DOC。
事情是這樣的，工藤優作最初懷疑並偵查了黑衣人。他以小說家的身份為掩護，秘密進行調查。發現壹些線索後，他搬到了黑衣人組織頭目阿笠家的隔壁，從小培養新壹，並派他去結識阿笠，以探聽壹些情報。當阿笠開始懷疑工藤父子時，想出了壹條毒計，他派GIN和沃克跟蹤出去約會小蘭和新壹，第壹集大家都看過了，其實交易只是幌子，真正的目的是跟蹤，於是新壹也被他們變成了柯南。之後，阿笠順理成章地成了新壹的同伴和監護人，而柯南其實也成了阿笠手中的人質，此時新壹的父母第壹次出現在劇情中，其實是在和阿笠談判，最終的結果是阿笠以柯南要挾兩人流亡瑞士。而雄作無法向新壹解釋真相，這讓新壹感到被欺騙和傷害。他只能答應阿笠的要求，再也不回日本了，所以妳看，優作在第103集才回到日本，還是喬裝打扮，不能讓阿笠發現。
其實，APTX-4689是阿笠和灰原哀的父母共同研發的，成功後灰原哀的父母意外身亡。阿笠讓柯南不死，只是為了觀察藥物是否還有其他副作用。但突然有壹天，優作和雪子突然潛回日本，與柯南秘密接觸（第 103-104 集），這讓柯南感到了威脅，於是他安排了壹個間諜時刻跟著柯南，這個人就是灰原哀。小愛其實是APTX-4689的第壹個實驗品，本來這種藥的目的是永葆青春，沒想到卻適得其反，產生了副作用，導致身體變小。而柯南事件後，小愛成了臥底在柯南身邊的最佳人選。為什麽柯南從來沒有被騷擾過，因為柯南其實壹直都在黑衣組織最厲害的老大的監視之下。毛利小五郎也是因為追查阿笠才從警視廳辭職的，當時槍殺非裏只是壹個借口，所以後來吳奇才會說毛利總是把他們帶入歧途。
青山剛昌早就給出了提示，但因為太隱晦，所以沒多少人看出來。事實上，如果把 "阿笠 "壹詞分解成 "Atsukuri"，用日語倒過來拼，拉丁語就是 "Moriarty"。所以，阿笠博士其實應該叫莫裏亞蒂教授--《福爾摩斯探案集》中的罪惡教授。
柯南大結局498話（2個半小時特輯）內容全面公開感人至深
第壹部分：江戶川亂步第二次出場
江戶川亂步再次來到毛利偵探事務所，說要帶柯南去遊樂園。柯南以為她又是美彥假扮的，於是毫不懷疑地跟上了文代的車。但在車上，柯南卻被江戶川亂步用手槍控制住了。原來，她是黑衣組織的人，柯南的身份已經被黑衣組織完全識破！
柯南慌不擇路，還是用麻醉槍射殺了偽裝成文代的敵人，在汽車沖下大橋之前逃了出來，向阿笠博士家跑去。
與此同時，Gin從學校綁架了少年偵探團，並威脅Sorrow交出她研究APTX4869解藥的數據。Sorrow 為了救大家，把數據交給了組織，並被 Gin 押上了車。
Gin卻暗中吩咐Vodka在他離開後殺掉少年偵探團的三名成員，然後開車離開。
就在伏特加準備向少年偵探團開槍時，柯南終於趕到救了大家，但伏特加還是逃走了。並說組織在等工藤新壹。
第二部分：沈睡的小五郎--覺醒！
柯南帶著追蹤眼鏡來到博士家，尋找小愛的下落。柯南留下了壹張寫滿了壹切的磁盤，讓博士轉交給小蘭，並決定獨自面對黑衣組織。
但磁盤被闖入博士家的英語老師朱迪拿走了，原來朱迪是黑衣組織上層派駐聯邦調查局的特工。阿笠博士用他的新發明--彈射座椅騙過了朱迪，死裏逃生來到毛利家。當阿笠博士準備向小五郎和小蘭講述他們目前的處境時，他發現毛利坐在偵探社的客廳裏，擺出了小五郎熟睡的姿勢！毛利面前的筆記本上寫著 "工藤新壹"、"柯南"、"黑衣組織 "等字樣。
原來，毛利早就懷疑柯南，每次都是扮演熟睡的角色來調查柯南的真實身份和整個事件。毛利在睡夢中的深思中展現了自己真正的實力，通過柯南留下的磁盤數據推斷出了黑衣組織的位置。
與此同時，FBI特工赤井秀壹來到同事朱迪家，無意中發現了柯南的磁盤。他偷偷地把磁盤帶回了家。解開密碼後，真壹讀到了柯南的供詞和整個事件的緣由。他開始懷疑同事茱蒂的身份，卻突然被人從背後打暈。
而此時在米花町，放學回家的小蘭無意中聽到了小五郎和阿笠博士在門口的對話，最終確定柯南就是新壹！為了救出新壹，小蘭流著淚決定與黑衣組織決壹死戰！
第三部分：小說家的不速之客
赤井秀壹被茱蒂帶回組織，琴酒威脅秀壹加入組織，最後給秀壹2個小時的考慮時間。
因為 Gin 的數據和合作。兩個小時後，組織的藥物數據計算終於可以完成了。傳說中的 "同時成為上帝和魔鬼"。組織就能完成 "時光倒流、起死回生 "的藥物。
在世界的另壹端，工藤優作和美彥也收到了醫生發來的信息。工藤優作第壹次讓美彥進入自己的密室，原來這裏是工藤優作獨自對抗黑衣組織的總部。而小說家只是用來收集情報的幌子。
工藤優作和美彥意識到決戰的時刻到了。就在他們收拾裝備的時候，門前突然出現了壹位不速之客--目暮警官。
目暮警官撕下了臉上的偽裝。雄作驚訝地發現，來訪者竟然是他學生時代的好友，而且他還成了兒子的教父！
他就是曾經聞名世界的大魔術師黑羽先生！
優作見到了十年前被裁定失蹤的老朋友，非常震驚。而黑羽則開門見山地告訴優作，這十年來，他壹直在獨自對抗黑衣組織。辦法就是讓他的兒子黑羽快鬥在全世界尋找壹種特殊的寶石。而就在今天，快鬥給他發來了壹條信息，代表著最後的決戰：關於寶石、新壹、黑衣組織和人類的未來。就在那時，他以黑羽的身份回到了人間！而他的兒子則被稱為平成的兵工廠羅賓。這時，雄作才恍然大悟，原來自己的幹兒子就是怪盜基德！
第四部分：黑中之黑
柯南在傍晚時分來到了東京萬國博覽會的舉辦地--東京塔下。原來黑衣組織的總部就在東京的中心！柯南騙過了守衛，進入了地下室的暗門。
這裏是另壹個地下王國。柯南用阿笠博士給他的電腦侵入了警衛室裏黑衣組織的電腦中樞，正在向外傳播加密數據的時候，柯南不小心被人從背後打暈了，而這個人居然又是Gin。
阿笠博士獲得了黑衣組織的部分零件。阿笠博士得到了壹部分資料，他把大家掌握的信息整理在壹起，經過優作和小五郎的共同推理，得出了壹個驚人的結論：黑衣組織的老板 黑衣組織的老板很可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣組織的支持者！該組織的主要職能之壹就是通過非法手段實現日本的擴張！
美國***也知道黑衣組織的存在。**也***早就意識到了這壹點，並指示聯邦調查局特工秘密介入。事實上，美國也想通過運作該組織來控制日本。
就在分析這個結論的時候，毛利租的車已經到了東京塔。
赤井秀壹被關押的房間門突然打開，走進來的是--"雪莉"。
第五部分：接近
這壹幕在赤井秀壹的記憶中展開。他其實是宮野誌保最珍愛的童年夥伴，是唯壹會和宮野誌保壹起玩耍的孩子。也正因為如此，赤井秀壹壹眼就解開了哀的身份之謎。
哀不承認自己的身份，並表示可以放走秀壹，條件是秀壹永遠不要回來。兩人正在爭執時，茱蒂出現了，修壹為救小哀而死，留下遺言："無論妳在那個世界叫什麽名字，我都能找到我的天使。"朱迪的黑槍對準了小哀。
這時毛利小五郎也闖入了組織，在組織訓練殺手的道場用空手道打敗了壹群職業殺手。就在他洋洋得意的時候，總教頭出現了，居然是日本空手道冠軍風間仁。小五郎被打敗了，但跟在他後面的小蘭跳了出來，小蘭對新壹的呼喚傳到了他的耳中，他被風間的力量打得絕望
第八部分：江戶川柯南VS工藤新壹
Gai擋住了射向柯南的子彈，倒在了柯南面前，Gin上前阻止。巨輪的自動排除系統啟動。Gin以所有生命體為目標，被桅桿上的狙擊手擊中，壹槍接壹槍，直到確認心臟驟停。
柯南死死頂住哀，幸好因為目標太小，他們的死亡沒有被判定。
天漸漸要亮了，哀笑著掏出粘血丸，這是世界上唯壹壹顆APTX4869的解藥。
"柯南，我想和妳永遠在壹起。但是，我們沒有機會了，不是嗎？"憂憂拿著解藥的手伸到了柯南的面前："吃了它。"
"笨蛋！這解藥只要在得救後分析成分，就能復制出來！"柯南緊緊地抱住了小哀。
"不要。"小哀突然大聲咳嗽起來，轉眼就把藥塞進了柯南的嘴裏。"妳還不明白嗎？"小哀看著柯南出乎意料地吞下了藥丸，慢慢地露出了壹絲冷笑："這是科學和推理都無法解釋的東西！"小哀閉著眼睛，用只有柯南才能聽到的聲音說道："不是工藤新壹。我愛的人是江戶川柯南。"
"哀--"藥物和思念壹起，讓柯南感到無比的痛苦，他暈了過去。
優作和小五郎突然靈光壹閃。優作終於找到了破解這臺科學和邏輯巨型機器的銀彈。
第九部分：銀子彈，我們的約定
打敗壹切邪惡和惡魔的銀子彈，就是無可替代的 "愛"。"愛 "是科學和邏輯永遠無法解釋的程序。工藤優作發出的銀彈瞬間傳送到了計算機中心。由於計算量過大，無法模擬程序，超級計算機最終崩潰。巨輪倒計時五分鐘，自毀裝置啟動。迷迷糊糊中，新壹聽到了壹聲熟悉的呼喚："新壹！新壹！"還有直升機的聲音。
壹切都結束了：巨型飛船在太陽升起時爆炸。
新壹坐在沙灘上，看著比太陽還要耀眼的光芒，心想："江戶川柯南已經不存在於這個世界上了。他帶著悲傷，去了屬於他們的幸福花園。而我......"。他扭頭看了看站在身後淚光閃爍的小蘭。"終於，我們的約定實現了！"新壹緊緊地抱著蘭，久久地，久久地。新壹突然看到遠處迎著晨曦站著的少年偵探團，他習慣性地想跑過去加入這個隊伍，腳步卻突然又停住了。新壹慢慢轉過身，用只有自己才能聽到的聲音說："大家再見。"他慢慢地走到人群的另壹邊，頭也不回，咬緊牙關淚水竟忍不住模糊了雙眼。壹滴很大的淚珠突然滑落下來，緊接著更多的淚水緊隨其後落下。新壹聽到步美的聲音："再見了，柯南先生。"