當壹艘船從大西洋通過運河到達太平洋時，首先通過利蒙灣約11 km處的入口航道到達加通水閘。在加通，有三個連續的水閘將船提升26米(78英尺)進入加通湖。加通湖系統由查格雷斯河上的加通大壩蓄水，其水源來自阿拉胡埃拉湖，又稱馬登湖。它由馬登大壩持有，面積為425平方公裏(65，438+064平方英裏)，水深從65，438+04米到26米(46-85英尺)，長度約為37公裏(23英裏)到甘博亞。Gaillard的人工運河(Gaillard Cut，也稱為〔Culebra Cut〕)從甘博亞開始，穿過大陸分水嶺。這條人工運河的平均水深約為65，438+03米(43英尺)，它延伸約65，438+03公裏(8英裏)到佩德羅米格爾船閘。佩德羅米格爾水閘將船只降低9米(30英裏)，進入米拉米拉弗洛雷斯湖，該湖海拔65，438+06米(52英尺)。這艘船通過了壹條長約2公裏(65，438+0英裏)的水道，並通過米拉弗洛雷斯的兩級水閘降低到海平面。運河的最後壹段是開挖的入口航道，長約11 km (7英裏)，船只通過它進入太平洋。運河的底部寬度至少為150米(500英尺)；在加通湖，河道寬度從65，438+050米(500英尺)到300米(65，438+0，000英尺)不等，而在米拉弗洛雷斯湖，河道寬度為225米(740英尺)。運河的水閘由加通湖、阿拉胡埃拉湖和米拉弗洛雷斯湖的重力流運行，這三個湖由查格雷斯河和其他幾條河流供水。每個水閘的長度、寬度和深度都是壹致的。每組水閘都是成對的，船只可以同時雙向通行。每個大門有兩個大門，20米(65英尺)寬，2米(6.5英尺)厚，固定在鉸鏈上。門的高度是14 ~ 25m(46 ~ 82ft)；門扇由安裝在門壁凹槽中的電機驅動。門扇的開啟和關閉由位於成對船閘閘墻上的控制塔控制，閘室的充水和放水也由控制塔控制。船閘長300米(1，000英尺)，寬33米(110英尺)，深12米(40英尺)。
稍大壹點的船必須由壹臺在水閘墻頂部的齒軌上運行的電力機車拖著通過水閘。在進入水閘之前，船只必須通過在入口的兩堵墻之間伸展的保護鏈。壹切順利的話，防護鏈會掉進水道底部的凹槽裏。萬壹船行駛速度太快，出於安全考慮會收緊防護鏈，所以船會撞上防護鏈。此時，閘墻上的液壓裝置控制的防護鏈會自動釋放，慢慢釋放，直到船被攔截停下。如果船脫離了牽引機車的牽引，突破了防護鏈，越過了第壹個閘門，15米(50英尺)外的第二個閘門將保護水閘，阻止船進壹步前進。每艘通過運河的船只都由壹名或多名領航員引導，他們壹直呆在船上，直到船只離開運河的盡頭。加上等待時間，船順利通過運河可能需要15 ~ 20小時。壹旦允許船舶通行，其從深水到深水的平均通行時間約為9小時。當不進行疏浚時，Gaillard的人工運河壹般可以雙向通行。雖然每次船經過都會不可避免的流失大量的水，但是巴拿馬充沛的降水可以維持正常運行。為了節約用水，同壹航線的船舶只要大小允許，可以同時通過兩艘或兩艘以上的船舶。
每艘船上都有檢查員在船上檢查貨物並收取通行費。必須提交貨物清單、船舶照片和其他文件，以供檢查和登記。沿途各點均設有自動海上交通控制系統，以安排和監察船只的通過。
允許通過巴拿馬運河的船只的最大尺寸是:
長度:總長度(包括突出部分):950英尺(289.56米)例外情況:集裝箱船和客船:965英尺(294.13米)拖輪駁船組合、剛性連接:總長度900英尺(274.32米)其他非自航船-拖輪組合:總長度850英尺(259.08米)寬度(船寬):船體板外表面寬度:106英尺(32.366運河管理局使用加通湖的淡水作為參考。水的鹽度和溫度影響其密度，從而影響船的吃水深度。在異常幹旱季節，當嘎屯湖水位較低時，最大允許吃水可能會減少。上限:從水線到船舶最高點:190ft (57.438+0m)。這壹限制也適用於運河南入口處的巴爾博亞港。例外:巴爾博亞水位低的時候205英尺(62.5米)也能過去。通常情況下，所有的例外都必須經過特別申請和調查批準，並且受到限制。
載重:巴拿馬級貨船通常可載重65000-80000噸，但由於運河吃水限制，其最大載貨量將被限制在52500噸左右，其余為轉船。【1】有史以來通過巴拿馬運河的最長的船是聖胡安勘探者號(現稱馬爾科納勘探者號)，長973英尺(296.57米)，寬106英尺(32.31米)[2]；最寬的是兩艘北卡羅來納級戰艦，北卡羅來納號(BB-55)和華盛頓號(BB-56)，寬108英尺(32.92米)[3]。在熱帶氣候下，運河及其相關設施必須經常維護以保持暢通。維護工作包括疏浚河道、水閘的定期維護以及機器的維修和更換。由於降雨量大，土壤疏松，Gaillard人工運河兩側的山體崩塌是運河修建以來經常出現的問題。因此，我們必須始終采取保護和補救措施，保持航道暢通，並制定計劃，加強河流兩岸，將雨水分流到其他地方，以免破壞山坡。自上世紀70年代以來，發生過兩次嚴重的崩盤，第壹次發生在1974，第二次發生在1986。在兩次滑坡中，塌陷區在壹段時間內只能單向通航。
威脅運河的另壹個嚴重問題是集水區河流和溪流(甚至運河本身)的淤積和沈積加速。這種惡化是由於到處遷徙的當地農民采用刀耕火種的耕作方式。運河集水區的樹木在20世紀60年代+0950年代初期還很茂密，但到了20世紀60年代+0970年代後期，已經減少了近70%。美國和巴拿馬政府采取了各種措施來控制土壤侵蝕。巴拿馬運河的交通流量是世界貿易的晴雨表。世界經濟繁榮時，車流量會增加，經濟不景氣時，車流量會減少。1916年最低807艘，1970年交通量上升，達到15，523艘。當年通過運河的貨物超過654.38+3460萬公噸(654.38+3250萬長噸)。此後，雖然經過的船只數量減少了，但船只的平均噸位增加了，運載的貨物比以前多了。
在運河的國際交通中，美國東海岸與東亞的貿易占據最重要的地位。通過運河的主要商品是汽車、石油產品、谷物、煤和焦炭。巴拿馬運河管理局負責巴拿馬運河的管理、運營、保護、維護和現代化。巴拿馬運河管理局是巴拿馬政府根據巴拿馬憲法修正案成立的自治組織。它於6月1999+2月31日中午從美國巴拿馬組建的巴拿馬運河委員會手中接管了運河的管理權。巴拿馬運河管理局的重要職責之壹是管理、維護和保護巴拿馬運河集水區的水資源。集水區對運河的運行非常重要，它也為運河路線兩端的城市供水。
巴拿馬運河管理局由董事會領導。董事會由11名董事組成。主席是主管運河事務的部長級官員，由中華人民共和國主席選舉和任命。在董事中，65，438+0人由政府立法部門任命，其余9人由總統經內閣會議同意任命。董事的任命必須得到立法議會絕對多數的批準。美國人執政時期，運河通行費是按照維護運營成本計算的，所以運河是自己出資的。每次通行的費用是根據船舶裝載或運載乘客的能力計算的。1914設定的費率，實際上60年不變。運河運營在1973第壹次虧損，在1974第壹次上調了幾個費率。
傳統上貨物裝在甲板下，按照倉庫所裝貨物計算過路費。然而，由於船舶設計的改變和集裝箱運輸貨物的廣泛使用，很大壹部分貨物裝在甲板上。通過運河的集裝箱貨運量僅次於谷物和石油產品。這些變化導致了計量規則的變化和艙面集裝箱容量費評估方法的制定。在巴拿馬運河委員會的領導下，巴拿馬運河管理局批準了類似的測量條例的變化，並在運河移交後維持美國管理期間的收費率。
從收取的通行費中，巴拿馬運河管理局必須每年向巴拿馬財政部繳納稅費。在繳納每年的稅費和支付運河運行維護費用後，盈余全部上繳國庫。