海關總署在省、自治區、直轄市以及進出口商品的口岸和集散地設立的出入境檢驗檢疫機構及其分支機構(以下簡稱出入境檢驗檢疫機構)，負責本地區的進出口商品檢驗工作。第三條海關總署根據《商檢法》第四條的規定，制定和調整《進出口商品檢驗目錄》(以下簡稱《目錄》)，並公布實施。
該目錄應當在實施之日前至少30天公布；緊急情況下，應當不遲於實施之日予以公告。
海關總署在制定和調整目錄時，應當征求國務院外經貿主管部門和其他有關方面的意見。第四條出入境檢驗檢疫機構對列入《目錄》的進出口商品以及法律、行政法規規定由出入境檢驗檢疫機構實施檢驗的其他進出口商品實施檢驗(以下簡稱法定檢驗)。
出入境檢驗檢疫機構按照國家規定對法定檢驗以外的進出口商品實施抽查檢驗。第五條進出口藥品的質量檢驗、計量器具檢定、鍋爐壓力容器的安全監督檢驗、船舶(含海上平臺、主要船用設備和材料)和集裝箱的標準檢驗、航空器(含飛機發動機和機載設備)的適航檢驗、核承壓設備的安全檢驗，由有關法律、行政法規規定的機構實施。第六條進出境樣品、禮品、暫時進出境貨物和其他非貿易性物品免檢。但是，法律、行政法規另有規定的除外。
列入目錄的進出口商品符合國家規定的免驗條件的，收貨人、發貨人或者生產企業應當經海關總署審核同意後申請免驗。
免驗的具體辦法由海關總署商有關部門制定。第七條法定檢驗的進出口商品，由出入境檢驗檢疫機構依照商檢法第七條的規定實施檢驗。
海關總署可以根據進出口商品檢驗的實際需要和國際標準，制定進出口商品檢驗方法的技術規範和行業標準。
進出口商品檢驗的技術規範和標準，以及檢驗方法的技術規範和標準，應當至少在實施之日前六個月公布；緊急情況下，應當不遲於實施之日予以公告。第八條出入境檢驗檢疫機構根據便利對外貿易的需要，對進出口企業實施分類管理，按照國際通行的合格評定程序確定的檢驗監管方式對進出口商品實施檢驗。第九條出入境檢驗檢疫機構應當對進出口商品進行檢驗，包括是否符合安全、衛生、健康、環保、防偽等要求以及質量、數量、重量等相關項目。第十條出入境檢驗檢疫機構根據《商檢法》的規定，對實行許可制度和國家規定必須認證的進出口商品實施驗證管理，查驗單證，核對證貨相符。
實行核銷管理的進出口商品目錄由海關總署商有關部門制定、調整並公布。第十壹條進出口商品的收發貨人可以自行辦理報檢手續，也可以委托檢驗機構辦理報檢手續；以快件方式進出口貨物的，收發貨人應當委托出入境快件經營企業辦理驗放手續。第十二條進出口商品的收發貨人應當依法向出入境檢驗檢疫機構辦理報檢手續並備案。第十三條檢驗機構接受進出口商品收發貨人的委托，以收發貨人名義辦理檢驗手續的，應當向出入境檢驗檢疫機構提交委托書，並遵守本條例對收發貨人的規定；以個人名義辦理檢驗手續的，應當承擔與收貨人或者發貨人相同的法律責任。
出入境快遞企業接受進出口商品收發貨人的委托，應當以自己的名義辦理驗放手續，並承擔與收發貨人相同的法律責任。
委托人委托查驗機構或者出入境快遞企業辦理查驗手續的，應當向查驗機構或者出入境快遞企業提供委托查驗事項的真實情況；報檢企業、出入境快遞企業接受委托人委托辦理報檢手續的，應當對委托人提供的資料的真實性進行合理審查。第十四條海關總署應當建立進出口商品風險預警機制，通過收集進出口商品檢驗信息進行風險評估，確定風險類型，並采取相應的風險預警措施和快速反應措施。
海關總署和出入境檢驗檢疫機構應當及時向有關方面提供進出口商品檢驗信息。第十五條出入境檢驗檢疫機構工作人員依法履行職責時，有關單位和個人應當予以配合，任何單位和個人不得非法幹涉或者阻撓。