零余額賬戶是指財政部門在商業銀行為部門和預算單位開立的賬戶，用於財政直接支付和財政授權支付清算。省級預算單位和無主管部門的行政事業單位填寫銀行賬戶審批表，報送省財政廳(基層預算單位填寫銀行賬戶審批表)。
上報主管部門，主管部門還須填寫《財政授權支付銀行賬戶匯總申請表》，連同基層預算單位《銀行賬戶審批表》，壹並報送省財政廳)；銀行賬戶審批表經省財政廳審核後報送中國人民銀行，中國人民銀行按規定發放開戶許可證，預算單位持開戶許可證。
在省財政廳確定的代理行分支機構，由自主選擇預算單位零余額賬戶的銀行辦理零余額賬戶開立和預留印鑒手續。改革實施前預算單位撥付的資金繼續使用，在原銀行賬戶核算。
原賬戶中用於相關用途的財政資金用完後，按規定從預算單位新開立的零余額賬戶中使用相關資金。預算單位零余額賬戶用於財政授權支出。該賬戶的日常支付應在當日營業終了前，由代理銀行在財政部核定的額度內與國庫單壹賬戶進行結算。
功能
零余額賬戶的性質決定了其在國庫單壹賬戶體系和財政支付管理中的重要作用，是實現財政集中支付的橋梁。首先，零余額賬戶是單壹國庫賬戶與貨物或服務提供者賬戶之間的紐帶，代理單壹國庫賬戶對貨物或服務提供者的支付。
財政支付的本質是將預算資金從國庫單壹賬戶轉移到商品或服務提供者賬戶。在零余額賬戶模式下，這種資金轉移是通過零余額賬戶的支付和清算活動實現的。預算支出先從零余額賬戶支付到貨物或服務提供者賬戶，再從國庫單壹賬戶支付清算到零余額賬戶。