黑暗集團伏擊了阿笠博士的家，抓住了少年偵探組，並留下了工藤新壹應該獨自前往救援的暗示。
在黑暗組織的總部，Gin發現了Ai的真實身份，並用少年偵探隊的生命威脅他，要他做出縮小藥的解藥。深思熟慮的莫寧在壹天之內制作了解藥和假死丸，並巧妙地將胖子的毒藥變成了假死丸。Gin拿到解藥後真的命令胖子殺了Ali和少年偵探隊...
柯南很快揭開了暗示的奧秘，趕到了黑暗組織的總部，壹切都被蘭看到了。在蘭的要求下，小五郎和警察對這個建議感到困惑，小五郎在睡夢中受到啟發，解開了這個謎。
黑暗的總部裏，老板狗出現了，原來是日本內閣大臣。大狗揭露了黑暗組織的秘密:裕仁天皇臨終時留下了壹本血書，上面寫著黑暗。內閣認為建立黑暗組織是皇帝的遺願。所以黑暗組織壹直得到政府支持，立場堅定。幾十年過去了，組織還是無法真正揭開那本血書的意義。
Gin給了Ai解藥，讓胖子放了Ai。我哀悼那個做了我大哥的事的胖子，突然琴酒被擊落了。真正的杜松子酒出現了，在基德假扮他之前暴露了他。這時大狗說基德的父親其實是該組織的特工，從事盜竊，後來因為該組織的行為冒犯了外國而被迫殺了他。
克裏斯(女教師)告訴柯南這是新壹的秘密，並給了柯南壹本血書，要求他揭開血書的神秘面紗，減少解藥的誘惑。柯南解開血書之謎的，竟然是天皇生前寫下的懺悔，以及對日本未來的擔憂。大狗立刻呆在了原地...
蘭趕到現場，遇到琴酒要求柯南留下遺言。柯南告訴蘭道真相並坦白後，金開槍，蘭道替柯南擋子彈。艾對此感到震驚...柯南終於在關鍵時刻用麻醉槍射死了琴酒，艾和胖子在搏鬥中壹起從樓上摔了下來。
對藥物有很強抵抗力的Gin，竟然在射殺大狗後醒來，試圖殺死柯南。非常欣賞coolguy的Cris停了下來，兩人都受了重傷。
工藤優作、高五郎、蔣木木等人趕到，高五郎與該組織的爪牙作戰，十分英勇。
在眾人的圍追堵截下，金在揭露了自己的野心和自己是皇帝和美國女政治家吉諾私生子的秘密後自殺。克裏斯此時稱自己是美國安插在該組織的間諜。原來美國也想控制該組織。基德走後，大家趕緊把蘭和艾送到醫院，驚奇地發現艾又變回了小孩子。
黑暗組織被查出來了，解藥只剩壹個了。艾被診斷為腦震蕩，醒來後只記得每個人的名字，其他都忘了。蘭現在還在昏迷中，醫生說如果昏迷時間長，可能會變成植物人。服部哲建議柯南變回新人來叫醒蘭，柯南只好照辦。而柯南在變身的時候被布美看到了。
半夜，步美來到病房，偷偷吻了新壹後離開，並與廣彥和元夫人約定，為新壹保守秘密。
蘭在新壹的精心照料下終於康復了。
因為這個案子，大家都成了名人，蘭很難受。優秀的作品需要新壹和蘭去美國讀大學。公主回到毛利，要求蘭去美國。由於毛利的英勇表現，他被重新聘為警察局重案組的負責人。這時候毛利說出了柯南是大壹新生故意不說實話的真相。
夕陽下，新壹看到艾和少年偵探隊玩的很開心就放心了。
在機場，大家都把辛屹和蘭送走了，只有艾偷偷轉過頭來對著自己和柯南的照片哭了...