綜合協調市衛生局重要政務、事務；負責文電運行管理；負責重要會議的組織和督辦落實；負責局機關文秘、機要、檔案、保密、安全、信訪工作的管理；綜合協調醫藥衛生體制、機制改革的宏觀管理；負責人大代表建議、政協委員提案的辦理工作。辦理工作。
二、政策法規和行政許可服務
負責國家和省衛生監督管理的方針、政策和法律、法規的組織實施；負責組織協調衛生法律、法規的起草、送審工作；負責有關規範性文件的合法性備案工作；負責行政執法監督和組織聽證工作；組織實施行政執法責任制。指導本系統法制工作；承辦行政復議、行政訴訟和國家賠償相關工作；組織開展法制宣傳教育；負責市衛生局行政許可事項的日常工作；負責組織行政服務事項的專家論證和聽證工作；參與起草衛生許可管理相關規範性文件；參與行政復議中有關行政許可事項的行政復議和行政訴訟工作。
3.人事科（外事科）
負責擬訂衛生人才發展規劃和政策並指導實施；負責局機關和直屬單位的機構編制、幹部人事和勞動工資工作；負責全市各級各類衛生專業技術人員的職稱申報、考試等工作；負責全市衛生系統獎懲工作；負責承辦局機關和直屬單位幹部職工因公出國（境）手續；負責衛生相關的對外交流和衛生援外工作。
4、科技教育處
負責擬訂衛生科技和教育發展規劃；負責衛生科技攻關和科技項目、科技成果的評審和管理，指導醫學科技成果推廣和科技工作；組織實施市級醫學重點學科建設和人才戰略；組織實施醫學繼續教育和畢業後醫學教育；負責衛生學術團體業務指導工作；負責衛生對外合作和學術交流工作。
5.應急辦公室
擬訂衛生應急救援規劃、制度、預案和技術指南；指導突發公共****、預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動；組織實施突發急性傳染病的預防控制和應急處置；組織實施重大災害、恐怖、中毒和核事故、放射事故等緊急醫學救援。應急醫療救援；發布公眾****；發布公眾****；實施公眾應急醫療救援。急醫療救援；發布公共**** 衛生應急處置信息；負責指導管理全市12320公共**** 衛生公共服務電話咨詢服務中心工作。
6.組織處（離退休幹部處）
負責局機關和直屬單位幹部的培養、選拔（選聘）、監督管理工作；指導直屬單位幹部管理、基層黨組織建設和黨員管理工作；管理管理局機關和直屬單位幹部人事檔案，指導基層單位幹部檔案管理工作；負責縣處級領導幹部政審工作；負責衛生、高級知識分子、對臺、僑務等統戰工作；指導有關非公立醫療機構黨建工作。負責局機關離退休幹部日常管理工作，組織開展老幹部學習、會議、參觀活動，協助開展老幹部黨支部工作；指導直屬單位離退休幹部工作，組織開展老幹部保健、體檢和文體活動，負責老幹部信訪工作。負責局機關日常黨務工作。
七、宣傳科
宣傳黨的衛生工作方針、政策和法律、法規；負責制定並組織實施衛生行業政治思想工作和職業道德教育規劃；宣傳、交流、推廣衛生行業精神文明建設的經驗和成果；配合有關部門做好衛生行業的新聞報道工作；指導衛生系統的新聞發布工作；負責衛生系統的人武工作。民參軍工作。
八、信息科
負責制定衛生信息工作規劃；負責局機關信息化建設和部門網站建設；配合市信息主管部門做好有關欄目的維護和信息提供工作；負責本部門電子政務應用系統和安全系統的維護和管理工作；組織衛生信息資源的開發、利用管理工作；負責衛生系統的信息、宣傳、教育、培訓工作。宣傳、教育、培訓工作。 1.食品安全綜合協調與衛生監督科
組織擬訂本地食品安全管理規劃並監督實施；依法行使食品安全綜合監督管理職能，組織協調有關部門承擔食品安全監管工作；綜合協調食品安全檢測、評價體系建設；收集匯總食品安全信息，分析預測安全形勢，評估和防範可能發生的食品安全風險；協調有關部門承擔食品安全監管工作。發生的食品安全風險；會同有關部門制定食品安全監管信息發布辦法並定期向社會發布；根據市政府授權，組織協調食品安全專項執法監督活動；依法組織協調重大食品安全事故的調查處理；擬訂並組織實施全市衛生監督工作方案，實施衛生監督綜合執法；依法開展衛生監督層級監督；負責全市傳染病防治、職業衛生、公共**。傳染病防治、職業衛生、公共****、放射衛生、學校衛生、婦幼衛生的執法監督；承擔市食品安全委員會的日常工作。
2.醫政科（中醫科、醫療服務監督科）
按照管理權限負責醫療衛生機構的設置、審批、監督和醫務人員執業資格準入；負責醫療機構的質量評價和執業管理；負責醫療機構醫療技術的應用準入和管理；負責醫療機構重點專科的建設和管理；負責全市醫療、護理、采供血、臨床藥學、醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等相關工作；協調處理醫療衛生機構職權範圍內的醫療糾紛，承辦醫療事故技術鑒定委員會委托的有關事務；協助重大突發事件、自然災害的醫療救援；組織協調各類法定體檢工作；負責全市無償獻血管理工作；協助有關部門開展傷殘鑒定、司法鑒定工作。開展傷殘鑒定、司法鑒定；貫徹執行國家中醫藥工作的方針、政策，指導和管理中醫藥主管部門內的中醫、中西醫結合醫療機構的中醫藥工作；擬訂並組織實施全市中醫藥事業發展規劃；負責醫療服務監管工作。
3.疾病控制與婦幼保健科
擬訂重大疾病預防控制規劃、免疫規劃和嚴重危害人民群眾健康的公共****，組織實施疾病預防控制體系建設，完善疾病預防控制績效考核實施辦法，預防和控制疾病的發生和流行蔓延；承擔法定傳染病疫情監測預警和報告工作 制定婦幼衛生政策、規劃並組織實施，負責婦幼保健機構發展規劃以及技術服務規範、專項技術標準並組織實施；實施婦幼保健監督管理；組織開展預防和減少出生缺陷和先天殘疾工作；組織實施基本公共****、重大特色公共****衛生服務項目；承擔市政府血吸蟲病、地方病防治領導小組和市政府艾滋病、結核病防治工作領導小組及市政府艾滋病、結核病防治工作委員會的日常工作。
4、市愛國衛生和健康促進委員會辦公室
統籌協調全市愛國衛生和健康城市建設工作，協調委機關各科室落實愛國衛生和健康促進工作職責；擬訂全市愛國衛生工作和健康城市建設工作規劃、計劃和考核指標；組織開展健康城市、健康社區、長效管理和衛生鄉鎮、衛生村建設等工作。健康城市、健康社區、國家衛生城市長效管理和衛生鎮（村）等各級各類衛生創建工作；組織開展農村改水、改廁和農村環境衛生整治工作；組織開展群眾性社會衛生檢查評比活動；組織開展病媒生物防制和全民健康宣傳教育工作。
5.社區衛生與農村衛生處（基本藥物制度處）
擬訂農村衛生、社區衛生服務、初級衛生保健發展規劃和相關政策；擬訂社區衛生服務機構、農村初級衛生保健機構、敬老院、門診部、診所的技術服務規範、建設標準和服務標準；負責權限內基層醫療衛生機構的設置、審批和監管；指導權限內基層醫療衛生機構的設置、審批和監管；指導病媒生物防制和全民健康促進與教育工作。負責轄區內基層醫療衛生機構的設置、審批和監管；指導、監督基層醫療衛生機構開展相關業務工作和業務建設；組織開展基層醫療衛生機構業務考核和達標評估工作。擬訂新型農村合作醫療制度相關政策並組織、協調、管理和指導實施。負責擬訂國家基本藥物制度相關方案，制定基本藥物使用和管理流程，協助監督基本藥物制度規定的實施。
6.保健處
擬訂全市離休幹部、副處級以上退休領導幹部和國家公務員的保健計劃並組織實施；指導幹部病房、門診的醫療服務工作；組織協調國內外來蘇客人的醫療保健工作；協調定點醫療機構和社會保障機構的有關工作；參與擬訂全市社會醫療保險制度方案，協助做好特困人員醫療救助工作，並組織實施；承擔市幹部保健委員會辦公室的日常工作。
七、計劃財務
統籌規劃和協調全市衛生資源配置；編制衛生預、決算，協調衛生資金的落實；負責本系統重大建設項目的跟蹤管理和衛生收費的使用管理；擬訂衛生財務管理規定並監督執行，研究提出衛生服務價格建議，協調有關部門指導全市醫療衛生收費管理和監督檢查工作。醫療衛生收費管理並監督檢查；指導全市衛生基本建設，監督直屬單位國有資產運營；負責局機關會計核算、財務收支管理工作。
同時按照有關規定設置紀委、監察室（合署辦公）和機關黨委、工會、團委。