朱砂性寒，清熱、安神，故也常用於清暑熱、安心神的藥劑中，如益元散（滑石，甘草，朱砂）等人丹、避瘟散等祛暑藥中也常有朱砂。
前人有「諸痛庠瘡皆屬於心」的理論記載，認為血中有火熱可生毒瘡，癰腫等癥。朱砂能清心熱，也是外科，喉科常用的清熱解毒藥品。例如配僵蠶、硼砂為細末，吹喉用，可用於急性扁桃體炎、咽喉腫痛等等。治咽喉病的古方「玉鑰匙散」即為西瓜霜、西月石、飛朱砂、僵蠶、冰片所組成。是有效的吹喉劑。
珍珠母安神主要是養心陰，降心火。朱砂安神主要是鎮驚清熱。
生鐵落重鎮心肝，墜痰下氣，偏治癲狂善怒。朱砂鎮心降火，偏治心經邪熱，神昏譫妄。
用量；壹般壹至三分，隨湯藥沖服。重癥有時可用到五至八分。
據近代研究朱砂可降低大腦中樞神經興奮性，有鎮靜作用。
註意朱砂不可直接見火，以免分解出金屬汞而至中毒，不可用過大劑量，不可長期服用，以免中毒。