在意見稿中備受關註的“責任連坐”、“醫保用藥專區設置”等規定沒有改變，必定會對藥店行業的經營和發展產生深遠的影響。
下面就這兩點進行壹下分析。
第壹：醫保用藥專區設置。
在《零售藥店醫療保障定點管理暫行辦法》中規定： 按藥品經營質量管理規範要求，開展藥品分類分區管理，並對所售藥品設立明確的醫保用藥標識。
藥店行業以前的分類管理要求，要求藥品和非藥品、處方藥與非處方藥要分區陳列，並懸掛明顯的標識。
而此後在原有的處方藥與非處方藥區域，要再進行細致分類，設立醫保區和非醫保區，並懸掛明顯標識。
這項工作的難度並不大，但意味著 藥店工作的重心已從原來的質量管理，轉移到醫保管理。藥店行業成為被藥監部門和醫保部門雙重嚴格監管的行業。
第二：違反醫保協議，責任“連坐”。
新辦法第四十條中的第十四款明確規定： 因定點零售藥店連鎖經營企業總部法定代表人、企業負責人或實際控制人違法違規導致連鎖零售藥店其中壹家分支零售藥店被解除醫保協議的，相同法定代表人、企業負責人或實際控制人的其他分支零售藥店同時解除醫保協議。
新辦法之所以被稱為史上最嚴醫保規定多是源於這條規定。
當意見稿出來之後，很多人認為這壹條太過於嚴苛，如果連鎖藥店中的某壹家分店出現違反醫保相關規定的問題，應當明確個人行為和企業行為的責任劃分，在企業有制度且嚴格規範管理的情況下，門店員工行為操作失當的責任認定應追究具體門店和具體責任人。
但這壹條還是在新辦法中保留了下來，說明了相關管理部門對醫保基金管理工作的態度和決心。
而在同時發布的《 醫療機構醫療保障定點管理暫行辦法 》，同零售藥店管理辦法大同小異，不過並沒有出現因壹個科室出現違反醫保協議，而會影響其他科室的類似規定。
史上最嚴醫保規定的落地，說明了醫保基金面臨著巨大壓力，也說明了醫藥行業在醫保基金的使用上存在著很多的問題。
對於藥店而言，能否使用醫保卡是決定藥店命運的最關鍵因素，所以新醫保政策註定能成為扼住藥店行業咽喉的命運之鎖。
關於參保者醫保卡中個人賬戶部分的歸屬和性質，爭議很大。很多人認為這部分本應屬於消費者，所以可以自由支配。
但法律就是法律，壹旦確定，必須無條件地遵守。
相比較而言，零售藥店行業對醫保基金的使用規模要遠低於醫療機構，因為消費者到藥店購藥動用的只是醫保卡中個人賬戶部分。
對於大部分參保者而言，每月返還到醫保卡個人賬戶的金額不過壹百多元。個人賬戶的設立有提高人們參保積極性的考慮，但現在參保率已接近百分之百，取消個人賬戶應該不會產生太大影響，並會有很多的好處。
取消醫保個人賬戶，對於參保者而言，幾乎毫無損失。 可以將這部分用於抵消繳納的醫保費用，而且這也可以減輕壹些企業的負擔。
取消醫保個人賬戶，對於管理者而言，可以卸掉壹個大包袱。 藥店眾多而分散，管理工作繁雜瑣碎。還要設立專門的機構，增設大量的監管人員，這無疑要付出巨大的管理成本。如取消醫保個人賬戶，便能將主要精力放到醫療機構上，起到事半而功倍的效果。
取消醫保個人賬戶，對於藥店而言，可以開創更為公平的競爭環境。 並能有效控制藥店行業的無序發展，使藥店將工作重點放到藥品質量和專業服務上。