是病程長，病情重，耐藥率高，並發癥多，療效差，預後不佳。給患者和家人帶來巨大的精神壓力和經濟壓力。其特點如下：
1、診斷復雜：壹個普通肺結核病人，診斷僅需留3個痰標本，至多再需要壹張胸部X線片，壹般2～3天即可作出診斷;而耐多藥肺結核診斷完全依賴實驗室。要判斷壹個結核病人是否是耐多藥肺結核，痰塗片後需要繼續做痰培養，痰培養陽性後還需要做藥物敏感試驗。總時間需要2～3月。且培養和藥物敏感試驗均需特殊的設備。
2、治療周期長：壹個普通結核病人，結核病的治療周期壹般為6月。耐多藥結核病人治療周期18～24月，甚至36月，是普通結核病人的3～6倍。作為最重要的二線藥物之壹，註射劑(如卡那黴素，卷曲黴素等)使用時間至少6個月以上。
3、治療藥物多，不良反應發生率高：治療普通結核病人的壹線藥物約為4～5種，不良反應率不高;而耐多藥肺結核病人治療藥物至少5～6種，且是不良反應率較高的二線抗結核藥物，如卷曲黴素，環絲氨酸，丙硫異煙胺等。
4、 治愈率低：目前，普通結核病人治愈率多在85%以上，我國已超過90%。而耐多藥結核病人最高的治愈率只有50～60%左右。也就是說，現有的條件下將有壹半的耐多藥結核病人無法得到治愈。
5、藥品費用昂貴：據估計，我國壹名普通結核病人6個月治療藥品總費用在150元左右，而壹名耐多藥結核病人24月治療藥品總費用接近2萬元，是普通結核病人的130倍!若加上各項檢查、培訓等費用，則將超過200倍。
6、威脅還在不斷增加。盡管目前對耐多藥肺結核病的診斷治療如此重視，然而，耐多藥肺結核病造成的威脅仍不斷增加。