2000年醫藥工業(英文表述：Medical Industry)完成總產值2332億元，年均增長17.5%，高於九五計劃15%的目標。實現工業增加值578億元，年均增長15.5%。醫藥商業銷售總額完成1509億元，比1995年增加705億元，年均增長13.4%。醫藥商品進出口總額達64億美元，其中：出口38億美元，比1995年增長8億美元，年均增長4.8%，醫藥外向型經濟逐步形成。醫藥工業實現利稅總額270億元，比1995年增加155億元，年均增長18.6%，實現利潤143.8億元，比1995年增加了94.3億元，年均增長24.5%，均超額完成九五計劃確定的18%的目標。醫藥商業實現利潤7.6億元，比1995年增長4億元，年均增長16.1%。醫藥行業實現了效益增長快於總量增長的局面，經濟增長方式開始轉變。
2009年第三終端的銷售額已經達到1014億元，同比增長26.7%。
2010年8月醫藥行業收入及利潤總額的同比增速為25.69%、34.71%。 2.醫藥經濟結構有所改善。
在激烈的市場競爭中，醫藥行業通過各種形式的聯合、兼並與重組，在壹定程度上改變了醫藥企業規模過小、布局過度分散的局面，提高了生產集中度。醫藥行業已有25家企業進入國家520家大型企業的行列。醫藥工業銷售額前60家企業的生產集中度為35.7%，比八五末的19.7%提高了16個百分點，壹批優勢名牌企業在激烈的市場競爭中逐漸發展壯大。青黴素、維生素C、合成維生素E、阿斯匹林、撲熱息痛等大噸位產品的生產企業數量已大幅度減少。片劑、粉針劑、水針劑、輸液、膠囊5大類制劑前50家的生產集中度分別達到44.3%、97.6%、66.5%、58.9%和56.2%。
所有制結構進壹步調整，基本形成了以公有制為主體、多種所有制經濟***同發展的格局。按產值計算，股份制經濟在全行業的比重已從九五初期的12%上升到33.2%，三資經濟從15%上升到18.8%，國有經濟從55%下降到36.1%。
醫藥流通體制改革步伐加快，醫藥商業打破了長期計劃經濟體制下形成的國有商業壹統天下的格局，產權結構向多元化方向發展，組建了壹批較規範的股份制企業和規模較大的企業集團。經營方式開始轉變，總代理、總經銷，集中配貨，連鎖經營等新的經營方式不斷湧現，尤其是連鎖經營在九五期間有較大的發展，全國已在壹些大中城市建立了近200家醫藥連鎖企業，連鎖經營的藥店超過5000個。壹批企業積極進行了醫藥電子商務的探索與試點。
西部地區的醫藥經濟有了長足發展。四川己成為我國中藥生產大省，雲南、貴州、青海、甘肅、內蒙、廣西等省區充分發揮當地資源優勢，已成為我國民族藥生產基地，促進了當地的經濟發展，優化了地區經濟結構。 3.科教興藥取得壹定成績。
醫藥行業貫徹科教興藥方針，加大了新產品研究開發的力度，1999年新產品產值率達15.8%。九五期間，我國醫藥企業與科研單位***獲得各類新藥證書5043個，涉及2112個品種，其中國家壹類新藥證書108個。
臨床上療效確切、毒副作用低的β內酰胺類系列產品在抗生素類化學原料藥中的比重由八五末的15.3%提高到1999年末的20.3%；壹些緊缺的醫藥專用關鍵中間體如6－氨基青黴烷酸（6－APA）、7－氨基頭孢烷酸（7－ACA）、7－氨基3－去乙酰氧基頭孢烷酸（7－ADCA）、異植物醇、三甲基氫醌等基本實現了替代進口。天然維生素E，羅紅黴素、阿齊黴素等重要產品實現了產業化，控釋、緩釋、透皮等新劑型有較大發展。
高效分離與純化技術、超臨界萃取技術、生產過程的自動控制技術、微囊化及靶向技術等壹批高新技術在醫藥生產中得到推廣應用。青黴素產率已由八五末的0.7－0.8噸/年?立方米發酵容積提高到的1.0－1.1噸，維生素C的總收率由八五末的48%提高到60%左右；地塞米松生產采用生物脫氫新工藝，大幅度降低了成本，提高了國際競爭力，不僅替代了進口，而且有批量出口。
中藥新產品開發加快，尤其是在治療與預防心腦血管、消化系統、肝炎等疾病方面的新品種有所突破。中藥杏靈顆粒、丹參滴丸已通過美國FDA（美國食品與藥物管理局）的預審，並進入臨床試驗，為中藥進入國際市場又邁出了壹步。藏藥等民族藥物也從少數民族地區走向了全國。
制藥裝備水平和生產條件有了較大提高。九五期間，有壹大批先進、適用的設備如雙環流氣升式發酵反應器、動態提取設備、微孔濾膜過濾器等實現了產業化，並廣泛應用到制藥工業生產中。壹批企業通過了ISO9000認證。到2000年底，有780多個制藥企業（車間、劑型）通過了GMP（藥品生產質量管理規範）認證，藥品質量有所提高。
醫療器械中的壹些高、精、尖產品如磁***振、CT（X射線計算機斷層掃描成像裝置）、彩色B超等實現了產業化，中低能直線加速器等基本實現國產化，旋轉式伽瑪刀、數字減影成像系統、激光手術器、纖維光纖內窺鏡等能批量生產，符合國際技術標準的全中文直接數字化X線醫學影像系統在我國研制成功並投入了臨床應用，大功率二氧化碳心臟激光治療儀研制成功並獲得了國家專利。醫療器械產品標準逐漸與國際標準接軌，零部件的配套采購已開始實現國際化，有近100家企業通過了ISO9000認證。 4.對外開放取得明顯成績。
醫藥行業是我國最早對外開放的行業之壹，也是利用外資比較成功的行業。世界排名前20位的制藥公司都已在中國投資建廠。醫藥商業的中外合資試點工作正在順利進行。這些三資企業的建立，不僅引進了資金，還帶來了新產品、新技術、新設備和新的經營方式與管理理念，對國內企業起到了良好的示範作用。