制藥工程的研究方面主要包括藥理學，藥物分析，藥劑學，藥物化學等。其實在本科期間這些科目都是制藥工程的主幹課程，但是在研究生階段就需要細分方向了，接下來介紹下相關的分支。
1.藥理學方向：這個專業主要是研究藥物的作用機理及在體內的代謝。比如藥物代謝動力學和藥效學的研究。藥理室新藥研發的基礎，也是新藥上市申請的必要前提。所以就業相對而言比較容易，畢業生可以在各大制藥公司的新藥研發中心從事藥理方面的相關研究。
2.藥物分析：主要研究藥物成分的檢測方法研究，畢業生可以在各大制藥公司的食品藥品檢驗疫所從事相應的藥物檢測工作。
3.藥劑方向：主要研究藥物的處方與劑型，以適當的給藥時間使藥物在體內靶標釋放和維持適當濃度，即通過優化藥物時效來緩解病癥。就業比較容易，畢業生可以在各大制藥公司的新藥研發中心從事劑型方面的相關研究。
4.藥物化學：主要研究藥物的化學合成及其相關理化特征。它是新藥特別是化學合成藥研發和實現工業化生產的重要環節。就業比較容易，畢業生可以在各大制藥公司的新藥研發中心從新藥合成方面的相關研究。
制藥工程可選較好的的研究發展方向是什麽
制藥分離方向：說是制藥分離，其實還是離不開化工分離的那些單元操作，本質上其實是化工，但由於主要應用於制藥領域，主要是原料藥的分離提純，偏向精細化工。因為本質是化工分離過程，對於企業來說，更願意招學化工出身的人。
生物制藥方向：生物制藥說到本質上其實脫離不了基因工程，分子生物學，合成生物學這些東西。現在生物技術領域中，生物制藥的比重很高，需求還是有的，生物技術現在在我國都說是朝陽產業，但是學生物需要面臨很多的實驗。生物本身就是壹門需要大量實驗數據堆砌的學科，並不向化工壹樣有成熟的理論體系去計算很多數據，而生物實驗中又大量不確定因素的幹擾，所以壓力也在。
藥物合成方向：說到本質，也就是核心競爭力，其實就是有機合成，但由於藥物結構的復雜以及壹些活*的合成問題，藥物合成能夠在有機合成中區別出來專門成為壹個方向。由於這個行業的特殊性，技術含量很高，工作環境稍差，需要經常接觸壹下有毒有害的物質，由於技術含量高，所以工作壓力也大。因此，願意從事這個行業的同學並不多，也就導致了競爭不算激烈，即使是制藥工程的合成方向在找本行工作的時候也是不成問題的。
藥物制劑方向：藥學專業有藥物制劑方向，可以去藥明康德這類做外包的企業，而制劑就基本只能去藥企了。但是做制劑的，工作環境相對藥物合成的好。
綜上，在整個行業裏，學生可以從事的職位要更多壹些，比如，藥代，工程設計，咨詢等，所以從崗位的選擇上崗位的選擇和從業方向還是比較豐富的。