1、中醫藥種植規模增大，但缺乏源頭監管
隨著農村土地流轉政策實施，中藥材種植在大江南北蔚然成風。地方政府極力推行中藥材種植，但是未能嚴格按照道地藥材規劃進行科學種植，同時缺乏道地藥材種植技術扶持，源頭監管缺乏，土壤檢測、田間作業全過程監管缺失，導致品種變異，原藥材性狀、含量水平差異較大。
2、中醫藥價格波動加劇，企業采購成本增加
由於藥材種植監管缺失，原藥材質量良莠不齊，完全符合藥典要求的原料藥缺乏。同時，監管部門對中醫藥下遊產業企業如中藥飲片、中成藥企業監管逐年增強，各種市場抽檢、飛行檢查使企業經營壓力增大。
3、中醫藥產品業態較多，但同質化現象嚴重
目前，中藥產品業態包括：中藥飲片、用中藥傳統制作方法制作的各種蜜丸、水丸、沖劑、糖漿 、膏藥、顆粒劑、粉劑、代煎代配，以及用現代藥物制劑技術制成的中藥片劑、針劑、膠囊、口服液等專科用藥。中成藥發展勢頭不足，各生產企業產品同質化現象明顯，業內競爭激烈。
4、中醫藥產業自動化程度低，生產設備陳舊
采用現代藥物制劑技術制成的中藥片劑、針劑、膠囊、口服液、顆粒劑、粉劑等，其生產工藝基本達到化學藥物生產技術水平，可以較大程度實現自動化、工業化。但是，中藥飲片、顆粒劑、丸劑、膏劑的生產加工，受片型要求的影響，物料流動性差，依然沿用80年代日本藥材加工技術。
5、中醫藥新產品發展遲緩，產業延伸動力不足
近年來，隨著國家對中藥保健品廣告市場的規範與整頓，中藥保健品行業的營銷環境發生了巨大的變化。相關國家職能部門加強了對中藥保健品廣告的審查，加大了對違法廣告的審查和打擊力度，輿論聲討違法廣告的聲音不斷，給本來就危機四伏的中藥保健品市場帶來了強烈地沖擊。
加快中醫藥產業發展的政策建議
建設規範化藥材種植基地，構建中藥全過程追溯體系。中藥產業面臨前所未有的發展機遇，要統籌規劃、加強源頭和過程監管，提出產業發展指導規劃和采取監管措施，分階段實現產業升級，最終達到中醫藥產業綠色化、自動化、信息化生產。
中藥材的種植產地非常重要。建議國家相關職能部門統籌規劃道地化區域，利用“互聯網+中藥材基地”形成數字化管理體系，實現差異化種植，保證藥材道地化，避免品種變異，實現藥材種植、田間作業可追溯，保證原料藥的質量，解決民生問題，實現中藥產業的可持續發展。