《藥品經營許可證》變更分為許可事項變更和登記事項變更。許可事項變更是指經營方式、經營範圍、註冊地址、倉庫地址（包括增減倉庫）、企業法定代表人或負責人以及質量負責人的變更。登記事項變更是指上述事項以外的其他事項的變更。
申請設立藥品經營單位，應當向所在地省、自治區、直轄市人民政府藥品監督管理部門提出申請，由省、自治區、直轄市人民政府藥品監督管理部門初審後，報食品藥品監督管理總局審批。
開辦藥品零售企業，應符合當地常住人口數量、地域、交通狀況和實際需要的要求，符合方便群眾購藥的原則，並符合以下設置規定：（壹）具有保證所經營藥品質量的規章制度；（二）具有依法經過資格認定的藥學技術人員；經營處方藥、甲類非處方藥的藥品零售企業，必須配有執業藥師或者其他依法經過資格認定的藥學技術人員。質量負責人應有壹年以上（含壹年）藥品經營質量管理工作經驗。經營乙類非處方藥的藥品零售企業，以及農村鄉鎮以下地區設立藥品零售企業的，應當按照《藥品管理法實施條例》第15條的規定配備業務人員，有條件的應當配備執業藥師。企業營業時間，以上人員應當在崗。（三）企業、企業法定代表人、企業負責人、質量負責人無《藥品管理法》第75條、第82條規定情形的；（四）具有與所經營藥品相適應的營業場所、設備、倉儲設施以及衛生環境。在超市等其他商業企業內設立零售藥店的，必須具有獨立的區域；（五）具有能夠配備滿足當地消費者所需藥品的能力，並能保證24小時供應。藥品零售企業應備有的國家基本藥物品種數量由各省、自治區、直轄市食品藥品監督管理部門結合當地具體情況確定。國家對經營麻醉藥品、精神藥品、醫療用毒性藥品、預防性生物制品另有規定的，從其規定。