人類認識生命遇到的第壹個問題就是給生命起名字以示區別。
人類剛出生時，缺乏抽象概括的技能，只知道具體的動植物名稱。為了生存，他們首先學會了區分哪些動植物可以食用，哪些不可以食用或者有毒，這可能是最早的分類。隨著越來越多知識的積累，人們開始根據各種動植物外部形態的異同，將生物分為不同的類別。
那麽，古人是如何對生命進行分類的呢？我國現存最古老的文字資料，河南安陽殷墟發現的甲骨文告訴我們，在距今約4000年前的殷商時期，人們就開始對生命進行分類。在甲骨文中，提到了許多動物和植物的名字。從代表它們的象形文字來看，人們已經把許多外形相似的動物歸為壹類。比如狗、狼、狐貍等詞都是狗形的；鹿、麝、麂、麋鹿這幾個字都是鹿的形狀；雉、雞、麻雀、鳳凰等人物造型都很好，說明這些動物有翅膀，即都屬於鳥類；甲骨文中也有壹些動物的名字由蟲形變化而來，表明它們屬於同壹種昆蟲；甲骨文中也有魚字，但沒有各種魚的名稱，可見當時人們對魚知之甚少。
根據植物的名稱，人們在商代也把它們分成不同的類型。甲骨文中的紋路像成熟下垂的穗，稻、米、麥、粟都是從壹粒的形狀而來；有松、柏、桑、栗等等，相當於我們現在所說的植被、木本植物。
如果說甲骨文中所表達的只是壹種分類的思想，那麽中國最早的字典《爾雅》中就有非常明確的分類。這部字典編纂於戰國至西漢初年，共分放草、放木、放蟲、放魚、放鳥、放獸、放畜四章。* * *收集了1000多種動植物名稱，不僅將生物分為草、木、蟲、魚、禽、獸，還增加了牲畜的數量，並加以飼養。每壹類中又有細分類，如植物中的桃李、松柏、桑葚、榆樹，動物中的甲蟲、螞蟻、蜜蜂、蠶、貝類、野雞等等。
記載中國春秋末期手工業生產技術知識的《考公基》壹書，將動物分為大獸和小蟲。大約同時期的書籍中有關於羽、毛、鱗、介、勝五大獸的記載，如《李周與管子》、戰國末期的《呂春秋》、西漢初期的《淮南子》。分別指鳥、獸、魚、龜、人。五種大獸相當於現在的脊椎動物。而蟲子就相當於無脊椎動物。可見當時我們的祖先對動物的分類是相當科學的。
說到古代分類學，就不能不提到李時珍(1518-1593)，明代的壹位大醫家。因為醫術高明，被推薦到了帝國醫院，卻辭了職，翻山越嶺，冒著生命危險，到處采藥。他虛心請教藥農和民間醫生，讀了八百多部古代醫書，成為《本草綱目》。在這本書裏，* * *收錄了1892種藥品，配有1160張藥品圖片。李時珍將動物醫學分為蟲、鱗、介、禽、獸、人，體現了動物由低到高的發展順序，不僅對醫學，而且對生物學都有貢獻。
西方最早的系統分類學
最早提出系統分類的西方人可以追溯到古希臘哲學家亞裏士多德(公元前384-322)。
亞裏士多德不僅是偉大的哲學家和思想家，也是傑出的自然科學家和百科全書式的學者。亞裏士多德最喜歡的科學之壹是生物學，尤其是動物學。他收集了許多動物和植物標本。當時馬其頓國王亞歷山大大帝是他的學生。他命令全國所有的獵人和漁夫把奇怪的動物送給他的老師。亞歷山大在探險中沒有忘記給老師帶回各種動植物標本。
在亞裏士多德之前，西方人常常把動物按照陸生和水生、有翼和無翼分為兩個對立的類別。亞裏士多德認為這種分類可以很容易地將親緣關系密切的動物分為兩個不同的類別，如有翼螞蟻和無翼螞蟻；相反，蝙蝠被歸類為鳥類、魚類和鯨魚等根本不同的動物。
亞裏士多德希望找到壹個可以劃分動物群的自然界限。他以沒有紅色血液為標準，將動物分為兩類:有血動物和無血動物。其實動物的血並不都是紅色的，壹些低等蠕蟲的血也是紅色的。但這種分類基本相當於我們今天劃分的脊椎動物和無脊椎動物兩大類。亞裏士多德根據繁殖方式的不同，將動物分布在由低到高的動物組成的“生物階梯”上，哺乳動物處於階梯的頂端。它們是兩性的，幼蟲很完美。下面是鳥類和爬行動物，它們產完整的蛋。下壹個最低的是青蛙和魚，它們產生不完整的卵。最低的是虱子、跳蚤等。它們自然發生。他的生物階梯觀包含了生物進化理論的萌芽。亞裏士多德描述並分類了近500種動物，被譽為動物學之父。
亞裏士多德的弟子弗拉斯特對植物學做出了巨大貢獻。德奧·弗拉斯特這個名字是他的導師亞裏士多德給他起的綽號，意思是“非凡的演講”。他的真名是蒂爾莎·摩斯。弗拉斯特收集並描述了大約500種植物，並將它們分為三類:喬木、灌木和草本。根據植物生長區域的不同，分為陸生植物和水生植物，陸生植物分為落葉植物和常綠植物，水生植物分為淡水植物和鹽生植物。他還創造了許多專有名詞，如固體和殼，這些名詞至今仍在植物學中使用。
亞裏士多德和德奧·弗拉斯特影響了生物學家近1900年的工作。直到16世紀，很少有人超出他們的水平。
物種第壹次被視為分類單位。
16和17世紀，隨著資本主義的興起，為了開辟新的貿易路線，航海業獲得了前所未有的發展，帶來了壹系列地理上的重大發現。人們到達了很多以前從未到達的地方，大大開闊了眼界，新發現的動植物也讓人們應接不暇。
亞裏士多德和奧夫拉描述了大約500種動物和500種植物，但到了1600年，人們已經認識了6000種植物，到了1700年，還有12000種新物種需要植物學家進行分類。動物學家還面臨著對4000多種動物進行分類和命名的任務。
然而，當時的分類和命名方法是如此混亂和不壹致。本草書籍大多是按照植物名稱的字母順序排列，或者按照植物與人類關系的重要程度排列，有的是按照器官的特性分類，沒有規律可循。而且前人留下的作品中充斥著壹些實際上並不存在的怪異神奇的物種。比如羅馬時代的普林尼寫的《博物誌》中，就列舉了“獨眼龍”、“吐火女怪”等許多奇怪的生物。中世紀誤傳的情況比較多，比如九頭蛇，樹鵝，龍等等。就連16世紀“最偉大的百科全書式博物學家”蓋斯納也在他的《植物學》中列舉了許多奇怪的動物名稱。雖然他不相信這些七頭水蛇，蜥蜴形的蛇怪，公蛋孵出的獨角獸，但是他把它們寫在了《動物學》上。當時的植物學家往往會用很多描述性的語言來給壹種植物命名，比如古代學者是如何描述的，作者是如何判斷的，它有什麽樣的醫療作用等等。為壹種植物寫名字很不方便。
由於沒有統壹的命名方法，經常出現同壹個東西有不同的名字，外來的東西有相同的名字的現象。有時候學者在學術研討會上爭論很久，才發現說的根本不是壹回事。
科學分類已成為生物學家急需解決的問題。17世紀，物理學家發現了結合自然規律的有序世界，生物學家也不甘落後。他們想找出復雜的生活世界的秩序。
根據亞裏士多德認為植物具有生死之魂的思想，意大利醫生、哲學家塞薩爾·皮諾提出以根和花作為植物分類的標準。根吸收養分，花繁殖，所以根和花，尤其是花，是反映植物等級的重要標誌。後來，英國植物學家格魯和德國植物學家卡馬拉柳發現，花的雄蕊是植物的雄性生殖器官，雌蕊是植物的雌性生殖器官，使這種給花分類的方法得到了更廣泛的應用。
意大利醫生、解剖學家馬爾比·吉(Marby Ji)提出，呼吸器官的完善程度應作為動植物分類的標準。植物都是小氣孔，呼吸器官最不完善，所以是比較低級的生物。昆蟲全身有許多氣體通道，排列在植物上方。魚類高於昆蟲，呼吸器官集中在頭部，但仍有許多鰓絲，說明其呼吸器官還不夠完善。高等動物和人在頂端。他們都只有壹對肺。
這些分類方法都試圖抓住生物的幾個本質特征，把它們分成不同的類群。我們稱之為人工分類。由於分類標準不同，出現了許多不同的分類體系。
第壹個對物種進行分類的英國博物學家是雷(1627-1705)。他認為，能通過種子產生相同後代的植物應歸為壹個物種，即物種。他根據植物胚胎中是否有壹片或兩片子葉，將被子植物分為單子葉植物和雙子葉植物，然後利用果實、花和葉的其他特征，將植物分為許多自然系統。這種分類方法至今仍被植物學家廣泛使用。雷也是雙名法的創始人之壹，為分類法的建立作出了重要貢獻。
現代分類學
第壹位瑞典博物學家林奈(1707-1778)真正結束了分類和命名的混亂，使分類學成為壹門科學。他最大的貢獻是結束了動植物分類命名的混亂，創造了簡單實用的拉丁文“二項式系統”命名法。
林奈認為“物種”是具有相似性狀的個體的總和，同壹物種之間可以產生後代，但不同物種之間不能。他將相似的物種組合成屬，相關的屬組合成目，相似的目組合成類。
在二項式命名系統中，每種動植物的名稱都由兩個字組成，前者是屬名，後者是種名，簡單明了。
林奈根據花中雄蕊的數量給植物分類。他把顯花植物分為23綱，加上隱花植物***24綱，116目，1000余屬，10000余種。這種分類方法延續了1000多年。他把動物分為六綱:四足動物、鳥、兩棲動物、魚、昆蟲綱和蠕蟲。林奈把鯨歸入第壹綱(這壹綱後來被命名為哺乳動物類的名稱)，把人歸入第壹綱的屬，把人、大猩猩、猴子等等歸入靈長類，這在當時並不簡單，所以林奈的認識遠遠超過了他同時代的人。林奈為此獲得了很高的榮譽，他同時代的壹些人是這樣稱贊他的:上帝創造了世界，林奈對世界進行了整理和分類。
林奈的分類法也是壹種人工分類法。直到進化論出現後，人工分類才被進化論中根據親緣關系的自然分類方法所取代。
目前，人們不僅根據生物的表面形態和結構對其進行分類，而且深入到生物的內部，根據生物的化學成分、血清反應、細胞中的染色體甚至染色體上的基因來判斷各種生物的親緣關系，從而進行更加科學的分類。