然而有壹天，壹個身高60米的 "巨型巨人 "摧毀了城墻的大門，巨人成群結隊地入侵人類的居住地，殺戮和捕食人類，人類失去了三分之壹的棲息地，但巨人的入侵並沒有就此停止。
主人公艾倫的家鄉被巨人入侵，在目睹母親被巨人咬死後，他發誓要加入壹個與巨人作戰的軍團，驅逐所有巨人，從此開始了與巨人作戰的士兵生活。
《攻殼機動隊》中巨人形象的隱喻與解讀：
這部作品最引人註目的是巨人形象，這不難讓人聯想到電影《哥斯拉》等中的巨型怪獸。這些怪獸電影興起於戰後的日本，被視為戰爭電影的替代品，並逐漸演變為民族國家暴力的隱喻。
日本評論家宇野常弘（Tsunehiro Uno）認為，從戰爭到巨型怪獸的轉變，象征著戰敗後的日本在想象超越個人力量的巨大暴力時，無法與戰爭，尤其是已成為整個民族創傷記憶的第二次世界大戰聯系起來。
烏裏諾還將 "巨人 "放在日本怪獸電影的背景下進行分析。而《攻殼機動隊》講述的就是這種超越個人存在和力量的 "巨大的東西"，以及人們對它的恐懼和不確定感。
但是，《攻殼機動隊》在日本以外的 "巨大 "受歡迎程度表明，人們對這種神秘事物的恐懼和焦慮已經在全世界廣泛****。支配現代社會的巨大力量確實存在，但人們無法將其具體形象化。
巨人作為超越力量的象征，在動漫中也有很多體現。首先，巨人是壹個無法進行任何交流的 "他者"，他們的目的似乎只是為了捕食人類。但它們雖然捕食人類，卻並不以人類為生，也就是說，它們是壹種超越（我們所能理解的）常識的神秘存在，完全獨立於人類和任何自然生物之外。此外，巨人與人類的力量相差懸殊，軍團極高的死亡率證明，即使人類擁有立體驅動力，也很難與巨人抗衡。
神秘巨人的存在也催生了對他們的多種解釋。比如，它們可以是資本主義制度暴力的形象化，兩者都在漫無目的地增殖、擴張和榨取人口；它們可以是國家暴力和官僚主義的擬人化，就像卡夫卡對荒誕無稽的國家制度的描繪；它們還可以是後現代時代瀕臨消亡的美學傳統中 "崇高 "感的重構。它們也可以是在後現代時代瀕臨滅絕的美學傳統的 "崇高 "感的重建。在日本，它們也可以被視為 2011 年日本東海地震和隨之而來的海嘯的象征。
然而，無論從哪個角度解讀巨人，我們都無法回避這樣壹種觀點，即巨人的形象在某種程度上是牽強的，最重要的是它所帶來的難以言喻的、直接的身體恐懼。但接下來介紹的遊戲通過身臨其境的戰鬥消除了這種恐懼。