1、報銷比例不同。省醫保報銷比例高於市醫保；
2、參保地不同。省醫保只能是省直單位職工，檔案在省人才代理中心，做省養老統籌辦理。市醫保只能是市直單位職工且檔案在市人才代理中心保管並做市養老統籌辦理；
3、定點醫療機構不同。省醫保可以在任何壹家醫院住院治療（參加了醫保定點醫院）。市醫保壹般只能在市級醫院住院治療（參加了醫保定點醫院）；
4、支付單位性質不壹樣。要弄清楚省醫保和市醫保的區別，就要弄清楚省醫保和市醫保的繳費單位。壹般來說繳納省級醫保的單位都是省直單位，也就是由省垂直管理的單位，如：省統計局、省發改委、省經委、省民族事務委員會、省人口和計劃生育委員會、省教育廳等，這些單位都有專門的省級醫保中心負責醫保事宜。相比之下，我市繳納醫保的企業範圍相對較廣，外資企業、合資企業、民營企業等，多數情況下都在為我市繳納醫保。
從這些差異來看，省醫保顯然要好壹些，但需要註意的是，省醫保中心只受理機關事業單位和優質單位的參保，如果個人要參保，那還是老老實實去參加新農合或城鎮居民醫保。至於省醫保和市醫保是否按照工資系數1:1的比例繳納，那就看個人賬戶了。
法律依據
《中華人民共和國***和國社會保險法》第二條 國家建立基本養老保險、基本醫療保險、工傷保險、失業保險、生育保險等社會保險制度，保障公民在年老、疾病、工傷、失業、生育等情況下依法從國家和社會獲得物質幫助。公民在年老、疾病、工傷、失業、生育等情況下，有從國家和社會獲得物質幫助的權利。第二十六條 職工基本醫療保險、新型農村合作醫療和城鎮居民基本醫療保險的待遇標準按照國家規定執行。第二十八條 符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診、搶救等規定的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。