1、藥品處方獲取難：憑處方銷售處方藥，是確保對癥施治、確保用藥安全的壹個基礎舉措。銷售的藥品納入統籌基金支付後，處方何來就成為了壹個醫保和藥店非常關心的問題：必須憑當地定點醫療機構處方，恐怕醫院的處方很難流轉出來，即使能夠流轉，患者對先到醫院開方、後到藥店購藥的程序也恐怕會很不滿意，客觀上也增重了很多老年患者、行動不便患者的負擔，也增加了大家的時間成本。
2、支付標準確定難：藥店普遍關註醫保部門是否會限制銷售藥品的價格，實際上，醫保部門關心的不是藥品價格，而是支付標準。藥店銷售藥品是壹個完全市場行為，醫保部門強制性用文件形式限制藥品加成率，既做不到，也做不通，會更多只能***同協商、協議約定。納入門診統籌後，銷售的藥品消耗的是醫保統籌基金，以什麽樣的標準予以支付，既需要體現公平性，又需要盡會節約化。
3、報銷政策確定難：職工門診統籌的報銷政策盡管並不復雜，但是藥店依據什麽標準來報銷也充分體現各地的政策意圖。要不要設置起付線，按年度設置還是按次設置起付線，按照什麽比例報銷，這些都是需要審慎研究的。有的地方按照開具處方的醫療機構相應政策結算，這最大的好處是有助於相應就醫行為的管理，更好避免大處方問題。
4、違規行為發現難：這麽多年，醫保基金監管的重點始終都放在占大頭的住院行為上，現在看來無疑門診行為比住院行為更難監管，藥店比門診又更難監管，過去覺得關註大頭就行了，但現在門診統籌的基金量完全不容懈怠，基金監管永遠在路上，甚至只是出發不久。
5、醫保統籌的意思是指統籌地區所有用人單位為職員繳納的醫保保費中，扣除了劃入個人賬戶之後的剩余部分，會進入醫保統籌賬戶基金。醫保統籌賬戶基金屬於全體參保人，由社保經辦機構集中進行管理、統壹調劑使用，主要可以用於報銷參保人所發生的符合報銷範圍的醫藥費、手術費、護理費等。來說，醫保統籌基金包括統籌地區全部參保單位醫保保費繳納總額扣除劃入個人賬戶後的剩余部分、財政補貼、社會捐助、銀行利息、滯納金等。