農業種植出來的中草藥和深山裏采摘的中草藥在農貿市場上擺賣時候和被收購前屬於農副產品，按農副產品性質來進行管理。被專業經營者或者醫藥公司收購後就屬於藥品，按藥品性質來進行管理。具體的收購價格采用市場調節價，國家沒有規定具體的價格。藥材在經營流通的各環節按其運輸、加工等經營成本逐步加價，藥材如被分成不同的規格等級也有不同的定價。具體的加價率也主要靠市場調節。國家有專門對中藥材的定價辦法，規定批零價差最大不超過30％，具體可查看相關的物價文件。如果再加上藥材篩選加工的損耗率（經驗值大致為20％），30％＋20％＝50％，也就是說加50％毛利率逐漸成為了不成文的行業做法。例如購進10元/kg的藥材，加上毛利率後，就按15元/kg零售。由於購進環節和流通環節的不同，導致國家難以對每個具體的藥材品種規定具體的定價，再說也不符合市場經濟的原則。如果是藥廠將藥材生產加工為成藥後，該成藥就有具體的物價定價了，規定了具體的批發價和最高零售價。
物價局是商品價格的監管部門，可以對各具體產品控制最高價，以避免惡意哄擡物價的違法行為。藥監局是藥品質量的專門監管機構，以保證人民用藥的安全有效，對具體的價格不屬其監管範圍。
現在國家已對中藥飲片加工企業實施GMP認證制度，並嚴格了許可證的管理，應該說中藥材、中藥飲片的質量將得到更有效保證，但其定價仍按市場調節價，因為是正規的嚴格生產加工的緣故，加工成本較高定價也較高。如果監管不力，仍有不少無證加工企業和經營戶的生存空間的話，低等級的藥材和不規範加工的飲片充斥市場，對藥材行業的質量和價格都可能是致命的影響。
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