在國家甲型流感(H1N1)聯防聯控支持小組的大力支持下，來自美國CDC的甲型流感(H1N1)疫苗株NYMCX-179A於6月8日晚抵達北京科興。北京科興拿到病毒株後，迅速啟動了病毒株種子批的準備工作。
①生產前的準備
a、嚴格選擇特定雞胚生產流感疫苗，需要準備大量9-11日齡雞胚。雞胚來自藍海白雞，由專門的公司提供。首先要篩選雞胚的供應商，進行質量審核。雞胚抵抗力低或無抵抗力，註射的流感病毒不會被雞胚本身的抵抗力殺死。雞胚的外殼是白色的，透光性好。在暗室光源的照射下，可以清晰地看到雞胚內的血管，因此很容易去除弱胚和死胚。
送到這裏的每壹批雞胚都要經過嚴格篩選。外部檢查***4項:白殼、大小、破損、臟胚，內部檢查***9項:去除砂殼、偏心氣室、遊動氣室、倒胚、無菌卵、終止胚、弱胚、汙染胚、裂胚。
b、菌種需要放大才能滿足生產需要。
世衛組織送來的病毒種子是重組病毒株的原種，保留了病毒的抗原性和復制能力，降低了其致病性。但是量少，不足以批量生產疫苗。需要對它們進行稀釋、擴增和培養，制備病毒種子批次，驗證擴增數據，比如什麽濃度稀釋比較好培養。
將病毒稀釋後種植在雞胚尿囊腔內(相當於人胚胎的羊水)，然後將雞胚置於密閉、無菌、恒溫的培養箱中，使病毒快速繁殖。雞胚培養壹定時間後，抽出尿囊腔內的液體，然後反復培養，得到適合傳代的病毒種子，留作生產疫苗的種子批。
②大規模生產
每個企業的生產工藝不完全壹樣，但大致路線都差不多。
壹、大規模培養獲得大量病毒
用於疫苗生產的雞胚數量壹次可達數萬個。病毒大規模培養和收獲的過程與獲得種子和批量病毒是壹樣的，只是純機械化操作，可以減少人工汙染，提高生產效率。
b、病毒滅活，去除致病性
盡管世衛組織提供給疫苗制造商的病毒傳染性很低，但它仍然是活的，因此需要將其滅活以去除病毒的致病性。因此，需要在病毒收獲液中加入滅活劑壹定時間，以獲得病毒滅活液。病毒滅活液也需要滅活，以確保疫苗已經滅活。此外，病毒滅活液應進行蛋白質含量、血凝效價和無菌檢查。
c .純化裂解疫苗，得到高純度原液。
病毒滅活液中有很多雜質，如雞胚中的蛋白質、滅活用的化學試劑等，需要對其進行純化，以保留病毒作為疫苗-抗原的有效成分，並去除病毒滅活液中的其他雜質，避免對人體產生不良反應。將滅活液超濾濃縮後，通過層析、過濾、離心等物理方法進行多次純化。然後加入裂解液裂解病毒，進壹步純化去除裂解劑和雜蛋白後得到疫苗純化液，最後滅菌過濾得到高純度疫苗原液。
經過滅活、裂解等步驟後，H1N1病毒不是活病毒，而是不完全病毒，不會造成感染。所以傳言北京中小學爆發甲型流感是不科學的，因為是國慶前接種的。
d、配料、灌裝，得到疫苗成品。
抗原純化後，需要在疫苗原液中加入緩沖液稀釋至合適的濃度。有時為了減少抗原用量，相對增加疫苗產量，需要添加適當的佐劑進行匹配。有佐劑的疫苗比沒有佐劑的疫苗更有助於刺激免疫反應，因此每種疫苗所需的抗原量會少得多。之後，需要將其填充到成品疫苗中。
③疫苗驗證，確定有效性和安全性。
疫苗生產出來後，企業還會對成品進行抽樣檢驗，確定其有效性和安全性。另外還要送到中國藥品生物制品檢定所進行檢驗，取得批簽發證書後才能投入使用。為了盡可能縮短時間，中國藥品生物制品檢定所決定開始同步批簽發。兩邊同時檢測，主要檢查無菌、pH值、滅活劑殘留、異常毒性、細菌內毒素含量、佐劑含量、疫苗效力。