州醫療保障局設以下內設機構：
（壹）辦公室。負責機關日常運轉，承擔安全、保密、信訪、政務公開和國際合作交流等工作。
（二）規劃財務與法規處。組織擬訂醫療保障工作規劃。承擔機關和直屬單位預決算、機關財務、資產管理、內部審計等工作，推進醫療保障信息化建設。組織起草法規、規章和標準草案，承擔規範性文件的合法性審核工作，承辦行政復議和行政應訴工作。
（3）待遇保障處。擬訂醫療保險籌資和待遇政策，統籌城鄉醫療保險待遇標準。協調推進多層次醫療保障體系建設。建立健全醫療保險關系轉移接續制度。組織擬訂長期護理保險制度改革方案並組織實施。
（4）醫療服務管理司。擬訂醫保目錄和支付標準，建立動態調整機制，制定醫保目錄談判準入規則並組織實施。制定定點醫療機構醫保協議和支付管理辦法、異地就醫管理辦法和結算政策。組織推進醫療保險支付方式改革。組織開展藥品、醫用耗材和醫療技術經濟評價工作。
（五）藥品價格與招標采購處。擬訂並組織實施藥品、醫用耗材價格和醫療服務設施收費政策，建立價格信息監測和發布制度。制定藥品、醫用耗材招標采購、配送、結算管理政策並監督實施，推進招標采購平臺建設。
（六）基金監督處。制定醫療保險基金監督管理辦法並組織實施。建立健全醫保基金安全防控機制，建立健全醫保信用評價體系和信息披露制度。監督管理醫療服務行為和納入醫療保險支付範圍的醫療費用，規範醫療保險經辦行為，依法查處醫療保險領域的違法違規行為。
（7）機關黨委（人事處）。負責機關和在京直屬單位的黨群工作。承擔機關和直屬單位的人事管理、機構編制、教育培訓、隊伍建設等工作。