根據上述職責，市人民政府辦公廳設18個內設機構：
（壹）第壹秘書科
負責市長政務活動、外事活動的具體安排，起草市長的講話材料、調研報告，起草或參與起草綜合性重要文件，處理和督辦市長的文電、信函、批示，辦理市長與市委、人大、政協領導同誌聯系的相關事宜。辦理人民武裝、國防等方面的相關文電工作。
（二）第二秘書科
負責對應的副市長政務活動、外事活動的具體安排，起草對應副市長的講話材料、調研報告，起草或參與起草綜合性重要文件，處理和督辦對應市人民政府領導同誌的文電、信函、批示以及交辦的各項工作。辦理機構編制、發展改革、物價、監察、財政、金融、人力資源和社會保障、審計、統計、法制、國有資產監督管理、機關事務管理、駐京聯絡機構、政府采購、政府發展研究、市管國有控股企業，稅務、保險、證券、信托等方面的文電工作。
（三）第三秘書科
負責對應的副市長政務活動、外事活動的具體安排，起草對應的副市長的講話材料、調研報告，起草或參與起草綜合性重要文件，處理和督辦對應市人民政府領導同誌的文電、信函、批示以及交辦的各項工作。辦理民族、公安、民政、司法、水利、農業、水產畜牧獸醫、林業、人口計生、糧食、人防、扶貧、信訪、農機、三大糾紛調處、應急聯動、水庫移民、宗教、殘疾人工作、流動人口、縣人民政府以及法院、檢察院、軍隊、國家安全、氣象等方面的文電工作。
（四）第四秘書科
負責對應的副市長政務活動、外事活動的具體安排，起草對應的副市長的講話材料、調研報告，起草或參與起草綜合性重要文件，處理和督辦對應市人民政府領導同誌的文電、信函、批示以及交辦的各項工作。辦理國土資源管理、城鄉規劃建設、城市管理、住房保障和房產管理、園林、地震、住房公積金管理、水城建設、各城區人民政府等方面的文電工作。
（五）第五秘書科
負責對應的副市長政務活動、外事活動的具體安排，起草對應的副市長的講話材料、調研報告，起草或參與起草綜合性重要文件，處理和督辦對應市人民政府領導同誌的文電、信函、批示以及交辦的各項工作。辦理科技（知識產權）、商務（口岸）、旅遊、投資促進、外事僑務、城鄉數字化建設、臺灣事務、供銷、青秀山風景名勝區、大明山自然保護區、昆侖關戰役遺址保護區、政府參事、工商管理、工商聯、科協、僑聯、貿易促進、海關、邊檢、檢驗檢疫等方面的文電工作。
（六）第六秘書科
負責對應的副市長政務活動、外事活動的具體安排，起草對應的副市長的講話材料、調研報告，起草或參與起草綜合性重要文件，處理和督辦對應市人民政府領導同誌的文電、信函、批示以及交辦的各項工作。辦理工業和信息化（糖業發展）、環境保護、交通運輸、安全生產、鐵路建設、二輕集體工業、開發區、相思湖新區、供電、煙草專賣、質量技術監督、電信、通信、郵政、海事、民航等方面的文電工作。
（七）第七秘書科
負責對應的副市長政務活動、外事活動的具體安排，起草對應的副市長的講話材料、調研報告，起草或參與起草綜合性重要文件，處理和督辦對應市人民政府領導同誌的文電、信函、批示以及交辦的各項工作。辦理教育、文化新聞出版、衛生、食品藥品監管、廣播電影電視、體育、政府新聞、地方誌編纂、社會科學、高等職業技術教育、檔案、新聞機構、工會、***青團、婦聯、文聯、愛國衛生、社科聯、民主黨派以及紅十字等方面的文電工作。
（八）第八秘書科
負責對應的副市長政務活動、外事活動的具體安排，起草對應的副市長的講話材料、調研報告，起草或參與起草綜合性重要文件，處理和督辦對應市人民政府領導同誌的文電、信函、批示以及交辦的各項工作。辦理北部灣（廣西）經濟區規劃建設（南寧五象新區建設）、保稅物流，北部灣經濟區重點產業園區規劃建設等方面的文電工作。
（九）綜合科
負責辦理市人民政府辦公廳機關的有關政務、事務工作；負責市人民政府辦公廳領導同誌政務活動的安排；負責政府全會、政府常務會和市長例會的會務安排、會議記錄，編寫會議簡報、會議紀要；起草《政府工作報告》、市人民政府領導同誌的有關講話材料、市人民政府及市人民政府辦公廳機關工作總結等重要文件、文稿；負責市人民政府辦公廳承擔的史誌、年鑒類的編寫工作。
（十）文書科
負責文電收發、運轉、印鑒管理、文書檔案、辦公廳保密、文印、公文規範審核、機要通信、文件交換等方面的工作；負責閱覽室管理工作；編發《南寧政報》等。
（十壹）人事科
負責機關及所屬單位和市人民政府駐京聯絡機構的人事管理、機構編制、教育培訓和出國政審工作；負責市人民政府黨組會議、市人民政府辦公廳黨組會議和科長會議的會務工作及起草會議紀要；負責機關及所屬單位的黨群工作。
（十二）行政科
負責市人民政府領導及市人民政府辦公廳機關後勤服務管理工作；負責市政府辦公大樓辦公用房調配及協調工作；負責市人民政府辦公廳機關及所屬單位財務、國有資產管理，以及辦公廳系統預算、工資統發核算、各類財務報表統計及勞動統計；負責辦公廳對外接待、計劃生育、社會治安綜合治理及扶貧支教工作。
（十三）信息科
負責全市政務信息的收集、核實、報送工作；負責全市人民政府系統單位政務信息采編的指導和培訓以及考核評比工作；負責《信息專報》、《動態報告》及《動態報告特刊》等信息刊物的采編工作；負責辦公廳信息化建設工作。
（十四）市人民政府督查室
負責市人民政府各部門和各縣區人民政府對國務院、國務院辦公廳，自治區人民政府、自治區人民政府辦公廳及市人民政府各項決議、決定和重要工作部署貫徹執行情況的督促檢查和落實反饋工作；負責自治區人民政府、市人民政府領導同誌重要批示的督辦、落實和反饋工作；負責相關的人大代表建議、議案和政協委員提案辦理工作；負責對全市人民政府系統督查工作實行業務指導；負責辦理市人民政府交辦的其他重要事項。
（十五）市人民政府應急管理辦公室（市人民政府值班室）
負責全市應急管理工作及市人民政府應急管理委員會日常工作，辦理市人民政府和市人民政府辦公廳領導交辦的其他事項。市人民政府應急管理辦公室（市人民政府值班室）內設值班室、協調處置科、應急管理科。
1．值班室。負責市人民政府值班工作，確保與自治區黨委、自治區人民政府及其所屬部門，市人民政府所屬各部門、單位以及各縣（區）人民政府聯絡暢通；接收並辦理市人民政府及市人民政府辦公廳緊急重要事項以及市內外相關重大情況和動態，傳達、轉辦市人民政府領導關於突發事件的批示、指示；負責政府全會、政府常務會、市長例會以及市人民政府領導和市人民政府辦公廳領導召開的其他會議的通知、落實和反饋工作；配合市委辦公廳和市人民政府辦公廳其他科（室）負責有關會議的會務工作；負責值守應急、突發事件信息報送工作；負責指導全市政府系統的值班工作；負責市人民政府秘書長（辦公廳主任）的有關文電處理工作。
2．協調處置科。負責協調、指導、督促、檢查全市應急隊伍、保障體系建設，指導突發事件應急預案演練；協助市人民政府領導處置特別重大、重大突發事件；協調指導特別重大、重大突發事件的預防預警、應急處置、調查評估、信息發布、應急保障等工作；督辦、落實市人民政府有關應急決定事項和市人民政府領導對特別重大、重大突發事件的批示、指示，承辦相關文電和會議；負責特別重大、重大突發事件應急信息搜集、匯總、整理工作，提出處置工作建議。
3．應急管理科。負責組織、協調有關方面研究提出市應急管理的政策、法規和規劃建議；指導全市應急預案體系、應急管理體制、機制、法制建設，組織修訂市突發事件總體應急預案，審核市突發事件專項應急預案；指導、協調全市應急平臺體系規劃、建設；組織、協調市人民政府應急管理專家組工作；辦理市應急管理調研、宣傳、教育、培訓、對外交流與合作、綜合會議等方面的工作和文電。
（十六）市政務服務中心管理辦公室（市政務公開領導小組辦公室、市政府信息公開領導小組辦公室）
組織並參與起草市行政審批和政務服務管理的法規、規章和政策；負責推進行政審批項目集中辦理，組織市本級各職能部門和中直區直部門為社會公眾和行政管理相對人辦理行政許可事項與非行政許可事項及相配套的管理與服務事項；組織公***資源交易機構進入政務服務中心服務，並進行規範和監督管理；負責審查市本級各職能部門行政審批事項的授權，受理行政審批的相關投訴；負責對涉及兩個以上部門行政審批項目聯合審批的組織協調；負責對進駐政務服務中心的單位及其工作人員進行管理、考核、考評和獎懲；協調、指導全市行政審批和政務服務中心管理工作；負責政務公開、政府信息公開工作，指導、協調全市政務公開、政府信息公開工作。市政務服務中心管理辦公室（市政務公開領導小組辦公室、市政府信息公開領導小組辦公室）內設政務管理科、政務協調科、政務技術科。
1．政務管理科。負責辦公室的日常政務工作；負責辦公室綜合性會議的組織和其他事務性工作；組織並參與起草市行政審批和政務服務管理的法規、規章和政策；負責內部規章制度建設；負責文電收發、信息、印鑒管理、文書檔案管理、保密、安全保衛、資產管理、後勤服務等工作；負責進駐單位服務質量的考評，對窗口工作人員進行教育、培訓、管理、監督、考評、考核；負責政務服務宣傳工作；負責市政務公開、政府及政府辦公廳信息公開工作，推進、指導、協調、監督和考核全市政務公開和政府信息公開工作。
2．政務協調科。負責審核、協調進入與退出政務服務中心的窗口單位；負責審核、協調行政許可與非行政許可事項、收費事項、確認登記、咨詢服務及其他公***服務事項的進入、調整、保留、取消等；負責協調公***資源交易機構進入政務服務中心服務；負責對涉及兩個以上部門行政審批項目聯合審批的組織協調；協調、指導全市行政審批和政務服務中心的管理工作。
3．政務技術科。負責政務服務中心信息系統的運行維護與管理工作；負責組織實施政務服務信息系統建設技術標準；負責配合監察部門組織開展行政效能電子監察的數據分析和編發工作。
（十七）市大型活動協調辦公室（市服務中國－東盟博覽會工作領導小組辦公室、南寧國際民歌藝術節組委會辦公室）
負責對全年大型活動進行規劃、統籌、審核、備案及總結；對以市委、市人民政府名義主辦、承辦、聯辦的綜合性大型活動進行研究、協調、組織、指導、督辦；承擔南寧市服務中國—東盟博覽會工作領導小組、南寧國際民歌藝術節組委會的日常工作；利用舉辦大型活動的資源平臺，服務全市中心工作。市大型活動協調辦公室（市服務中國－東盟博覽會工作領導小組辦公室、南寧國際民歌藝術節組委會辦公室）內設活動管理科、活動協調科和活動指導科。
1．活動管理科。負責辦公室日常政務和後勤保障；對以部門名義舉辦的大型活動進行備案；擬訂並統籌實施大型活動工作制度和流程；負責大型活動專項經費的管理、使用及結算;負責大型活動期間會務、事務協調；負責大型活動檔案資料的收集、整理、總結、歸檔。
2．活動協調科。負責統籌編制以市委、市人民政府名義舉辦的全市性大型活動年度計劃；對計劃外的大型活動提出可行性意見；負責大型活動期間重要文稿和工作方案的起草、統籌、報批；制訂大型活動票務計劃並組織實施；統籌活動實施中各部門關系，並指導工作開展。
3．活動指導科。負責大型活動證件工作、現場工作的管理、指導和組織實施；負責活動期間以市委、市人民政府名義互贈物品的相關工作；協助、指導各部門策劃以市委、市人民政府名義舉辦的專項大型活動。
（十八）市信用體系建設辦公室
負責組織、協調、推進全市的信用體系建設工作。負責起草相關的地方法規和實施規範；編制、實施南寧市信用體系建設規劃；組織、協調全市信用信息資源的整合與依法發布，指導社會信用體系標準化建設，配合有關部門推動信用征信活動健康開展；推動信用管理原理在行業管理中的應用；對信用市場和市場主體進行培育；開展信用體系建設宣傳教育活動；指導行業協會開展活動。承擔市信用體系建設工作領導小組的日常工作。
離退休人員工作科 負責機關及所屬單位離退休人員管理工作。
機關黨組織 負責機關及所屬單位的黨群工作，具體工作由人事科承擔。
紀檢監察室 負責機關及所屬單位的紀檢、監察工作。