（壹）組織有關部門起草食品、保健品、化妝品安全管理方面的法律、行政法規；組織有關部門制定食品 、保健品、化妝品安全管理的綜合監督政策、工作規劃並監督實施。
（二）依法行使食品、保健品、化妝品安全管理的綜合監督職責，組織協調有關部門承擔的食品、保健品 、化妝品安全監督工作。
（三）依法組織開展對食品、保健品、化妝品重大安全事故的查處；根據國務院授權，組織協調開展全國 食品、保健品、化妝品安全的專項執法監督活動；組織協調和配合有關部門開展食品、保健品、化妝品安全重大事故應急救援工作。
（四）綜合協調食品、保健品、化妝品安全的檢測和評價工作；會同有關部門制定食品、保健品、化妝品 安全監管信息發布辦法並監督實施，綜合有關部門的食品、保健品、化妝品安全信息並定期向社會發布。
（五）起草藥品管理的法律、行政法規並監督實施；依法實施中藥品種保護制度和藥品行政保護制度。
（六）起草醫療器械管理的法律、行政法規並監督實施；負責醫療器械產品註冊和監督管理；起草有關國 家標準，擬訂和修訂醫療器械產品行業標準、生產質量管理規範並監督實施。
（七）註冊藥品，擬訂、修訂和頒布國家藥品標準；擬訂保健品市場準入標準，負責保健品的審批工作； 制定處方藥和非處方藥分類管理制度，建立和完善藥品不良反應監測制度，負責藥品再評價、淘汰藥品的審核和制定國家基本藥物目錄的工作 。
（八）擬訂和修訂藥品研究、生產、流通、使用方面的質量管理規範並監督實施。
（九）監督生產、經營企業和醫療機構的藥品、醫療器械質量，定期發布國家藥品、醫療器械質量公報； 依法查處制售假劣藥品、醫療器械等違法行為。
（十）依法監管放射性藥品、麻醉藥品、毒性藥品、精神藥品及特種藥械。
（十壹）擬訂和完善執業藥師資格準入制度，監督和指導執業藥師註冊工作。
（十二）指導全國藥品監督管理和食品、保健品、化妝品安全管理的綜合監督工作。
（十三）開展藥品監督管理和食品、保健品、化妝品安全管理有關的政府間、國際組織間的交流與合作。
（十四）承辦國務院交辦的其他事項。