《國家基本藥物》是國家藥品監督管理局根據世界衛生組織的建議，按照臨床治療必需、療效好的原則制定的，用於指導臨床醫生合理用藥，引導藥品生產企業生產方向的藥品目錄。《國家基本藥物》與基本醫療保險藥品目錄的主要區別有以下幾個方面：
壹、二者的作用不同
《國家基本藥物》主要用於指導臨床醫師合理選擇用藥品種，通過引導藥品生產企業的生產方向，保證基本藥物的市場供應。而《基本醫療保險藥品目錄》的主要作用為了控制基本醫療保險支付藥品費用的範圍，是社會保險經辦機構支付參保人員藥品費用的依據。其目的是為了保障參保人員的基本醫療需求，保證醫療保險基金的收支平衡。
二、制定的依據不同
《國家基本藥物》主要考慮藥品臨床使用的合理性和安全性，以及全社會的基本用藥水平。而《基本醫療保險藥品目錄》在考慮參保人員用藥安全和療效的同時，重點要依據基本醫療保險基金的承受能力，要考慮藥品的價格因素。
三、應用範圍不同
《國家基本藥物》適應全社會所有人群，而《基本醫療保險藥品目錄》只適用於基本醫療保險保險的參保人員。
四、執行效力不同
《國家基本藥物》對臨床醫生用藥起指導作用，主要通過對社會宣傳和醫生培訓，引導自覺使用目錄；而《基本醫療保險藥品目錄》在社會保險經辦機構支付費用時執行。
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